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- PDB-2v7o: Crystal structure of human calcium-calmodulin-dependent protein k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v7o
タイトルCrystal structure of human calcium-calmodulin-dependent protein kinase II gamma
要素CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II GAMMA CHAIN
キーワードTRANSFERASE / KINASE / S/T KINASE / ATP-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / CALMODULIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle adaptation / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / insulin secretion / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / regulation of neuron projection development ...regulation of skeletal muscle adaptation / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / Trafficking of AMPA receptors / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / insulin secretion / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / regulation of neuron projection development / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / RAF activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BISINDOLYLMALEIMIDE IX / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit gamma / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Edwards, A. / Weigelt, J. ...Pike, A.C.W. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Burgess-Brown, N. / Shrestha, L. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Camkiidelta/Calmodulin Complex Reveals the Molecular Mechanism of Camkii Kinase Activation.
著者: Rellos, P. / Pike, A.C.W. / Niesen, F.H. / Salah, E. / Lee, W.H. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II GAMMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0844
ポリマ－38,5021
非ポリマー5823
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.703, 117.226, 75.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2030-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II GAMMA CHAIN / CAM-KINASE II GAMMA CHAIN / CAM KINASE II GAMMA SUBUNIT / CAMK-II SUBUNIT GAMMA / CALCIUM- ...CAM-KINASE II GAMMA CHAIN / CAM KINASE II GAMMA SUBUNIT / CAMK-II SUBUNIT GAMMA / CALCIUM-CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE II GAMMA


分子量: 38501.922 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 5-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) ROSETTA / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q8N4I3, UniProt: Q13555*PLUS, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DRN / BISINDOLYLMALEIMIDE IX / Ro-31-8220


分子量: 457.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N5O2S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BISINDOLYLMALEIMIDE IX (DRN): BIM-9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.10M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH7, 20% PEG6K, 10% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00721
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.33 Å / Num. obs: 18326 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BDW

1bdw


解像度: 2.25→35.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 14.48 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 936 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 17388 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 41 110 2568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9633424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.333.0034123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40423.793116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65315.036415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8181515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.21718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 55 -
Rwork0.231 1265 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.835 Å / Origin y: -36.744 Å / Origin z: -5.995 Å
111213212223313233
T-0.0227 Å2-0.0031 Å20.0264 Å2--0.0818 Å20.0157 Å2---0.1926 Å2
L0.5622 °20.2605 °2-0.0332 °2-2.6013 °20.0891 °2--1.0305 °2
S-0.0035 Å °0.0256 Å °0.1641 Å °-0.1753 Å °0.0276 Å °0.0708 Å °-0.2573 Å °0.0334 Å °-0.0241 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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