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万見
- PDB-2v5g: Crystal structure of the mutated N263A YscU C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5g
タイトルCrystal structure of the mutated N263A YscU C-terminal domain
要素YSCU
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PLASMID / AUTOCLEAVAGE / RECOGNITION PROTEIN / TYPE III SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
secretion proteins EscU / name from scop / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wiesand, U. / Sorg, I. / Amstutz, M. / Wagner, S. / Van Den Heuvel, J. / Luehrs, T. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Type III Secretion Recognition Protein Yscu from Yersinia Enterocolitica
著者: Wiesand, U. / Sorg, I. / Amstutz, M. / Wagner, S. / Van Den Heuvel, J. / Luehrs, T. / Cornelis, G.R. / Heinz, D.W.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1994
タイトル: Yscu, a Yersinia Enterocolitica Inner Membrane Protein Involved in Yop Secretion.
著者: Allaoui, A. / Woestyn, S. / Sluiters, C. / Cornelis, G.R.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YSCU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0302
ポリマ－16,9951
非ポリマー351
水93752
1
A: YSCU
ヘテロ分子

A: YSCU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0614
ポリマ－33,9902
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area1880 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.297, 66.297, 68.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2041-

HOH

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要素

#1: タンパク質 YSCU


分子量: 16994.943 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 211-354 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
株: W22703 / プラスミド: PGEX-6-P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER DE3 / 参照: UniProt: Q56844
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 263 TO ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROP METHOD USING 3 UL OF A 8 MG/ML PROTEIN SOLUTION MIXED WITH 3UL RESERVOIR BUFFER (1.6 M (NH4)2SO4, 0.2 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.5) IN THE DROPLET.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97854
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 10836 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.549 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MISSING RESIDUES 211-221 AND 343-354 DUE TO WEAK DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 328 3 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 10436 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 1 52 1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9651435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44322.69252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97515201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9061513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0492660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05231031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3982.5458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2983399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.219 18
Rwork0.233 734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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