PDB-2v43: Crystal structure of RseB: a sensor for periplasmic stress respon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v43

タイトル

Crystal structure of RseB: a sensor for periplasmic stress response in E. coli

要素

SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

キーワード

REGULATOR / SENSOR FOR PERIPLASMIC STRESS / REGULATORY PROTEIN / LIPOPROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

antisigma factor binding / sigma factor antagonist complex / regulation of polysaccharide biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Wollmann, P. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Rseb: A Sensor in Periplasmic Stress Response of E. Coli.
著者: Wollmann, P. / Zeth, K.

履歴

登録	2007年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v43.cif.gz	174.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v43.ent.gz	139.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v43_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v43_full_validation.pdf.gz	493.1 KB	表示
XML形式データ	2v43_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	2v43_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v42C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fmu-d 3pjg-1 6fp4-d 2xb6-1 6rtj-d 1jii-1 5h52-d 1jij-1 2hau-1 5z08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

B: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

C: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

ヘテロ分子

104 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

B: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.600, 200.700, 109.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2050- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	ASN	ASN	2	A	A	28 - 103	7 - 82
2	1	1	GLY	GLY	ASN	ASN	2	B	B	28 - 103	7 - 82
3	1	1	GLY	GLY	ASN	ASN	2	C	C	28 - 103	7 - 82
1	2	1	GLY	GLY	ILE	ILE	6	A	A	104 - 129	83 - 108
2	2	1	GLY	GLY	ILE	ILE	6	B	B	104 - 129	83 - 108
3	2	1	GLY	GLY	ILE	ILE	6	C	C	104 - 129	83 - 108
1	1	2	SER	SER	GLN	GLN	2	A	A	130 - 192	109 - 171
2	1	2	SER	SER	GLN	GLN	2	B	B	130 - 192	109 - 171
3	1	2	SER	SER	GLN	GLN	2	C	C	130 - 192	109 - 171
1	1	3	TRP	TRP	ILE	ILE	2	A	A	222 - 312	201 - 291
2	1	3	TRP	TRP	ILE	ILE	2	B	B	222 - 312	201 - 291
3	1	3	TRP	TRP	ILE	ILE	2	C	C	222 - 312	201 - 291

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.4726, -0.60772, 0.63822), (-0.58787, -0.75693, -0.28544), (0.65655, -0.24029, -0.71498)	13.39288, 99.72059, 62.23261
2	given	(-0.09229, -0.83531, -0.54197), (0.84286, -0.35533, 0.40413), (-0.53015, -0.41951, 0.73685)	108.25285, -39.59167, 29.05298
3	given	(0.09195, 0.81498, 0.57215), (0.87043, -0.34485, 0.35133), (0.48363, 0.46571, -0.74109)	-10.04592, -38.37309, 25.62675

#1: タンパク質	SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB / RSEB 分子量: 34359.891 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 23-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFX9
#2: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	SEEMS TO MODULATE THE ACTIVITY OF RPOE (SIGMA-E)
配列の詳細	RESIDUE 22 IS A METHIONINE WHICH WAS CLONED THERE TO HAVE A START CODON. RESIDUES 319-324 DO NAT ...RESIDUE 22 IS A METHIONINE WHICH WAS CLONED THERE TO HAVE A START CODON. RESIDUES 319-324 DO NAT MATCH THE P0AFX9 AS IT AS A HIS-TAG, NEEDED FOR PURIFICATION OF THE PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 25%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350 AND 10 MM L-CYSTEINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 40893 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: LARGE DOMAIN FROM P4212 DATASET

解像度: 2.37→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 17.467 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	2205	5.1 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.231	41422	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6456	0	28	194	6678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.969	8961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	20.178	5	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.188	22.862	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.193	15	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.841	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.254	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.549	1.5	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.953	2	6624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.246	3	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.038	4.5	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	304	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	304	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	304	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	252	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	252	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	252	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	296	tight positional	0.06	0.05
3	2	B	296	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	296	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	296	medium positional	0.55	0.5
1	2	B	296	medium positional	0.61	0.5
1	3	C	296	medium positional	0.51	0.5
2	1	A	256	medium positional	0.5	0.5
2	2	B	256	medium positional	0.53	0.5
2	3	C	256	medium positional	0.41	0.5
3	1	A	274	medium positional	0.7	0.5
3	2	B	274	medium positional	0.5	0.5
3	3	C	274	medium positional	0.5	0.5
1	1	A	220	loose positional	0.56	5
1	2	B	220	loose positional	0.54	5
1	3	C	220	loose positional	0.41	5
1	1	A	304	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	304	tight thermal	0.08	0.5
1	3	C	304	tight thermal	0.06	0.5
2	1	A	252	tight thermal	0.1	0.5
2	2	B	252	tight thermal	0.09	0.5
2	3	C	252	tight thermal	0.07	0.5
3	1	A	296	tight thermal	0.07	0.5
3	2	B	296	tight thermal	0.06	0.5
3	3	C	296	tight thermal	0.06	0.5
1	1	A	296	medium thermal	0.58	2
1	2	B	296	medium thermal	0.59	2
1	3	C	296	medium thermal	0.61	2
2	1	A	256	medium thermal	0.76	2
2	2	B	256	medium thermal	0.77	2
2	3	C	256	medium thermal	0.68	2
3	1	A	274	medium thermal	0.55	2
3	2	B	274	medium thermal	0.51	2
3	3	C	274	medium thermal	0.48	2
1	1	A	220	loose thermal	1.82	10
1	2	B	220	loose thermal	2.04	10
1	3	C	220	loose thermal	1.75	10

LS精密化シェル

解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.39	148
R_work	0.31	2897

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2554	0.3861	-0.1391	1.5636	0.2741	3.0343	0.0043	0.0276	-0.0845	0.1738	-0.0839	-0.0763	0.2586	0.0367	0.0795	-0.1565	0.0202	0.0645	-0.1531	0.0067	-0.1668	33.726	26.809	34.607
2	15.3834	0.279	-3.1777	1.31	0.2914	2.5019	-0.2161	1.0127	-0.8853	0.0756	-0.0149	0.1953	0.2082	-0.5023	0.231	-0.1949	-0.0286	0.0263	-0.0521	-0.0924	-0.0691	10.044	23.355	18.645
3	1.2002	-0.1643	-1.1392	2.2463	0.7315	2.5178	-0.0993	-0.1591	-0.0416	0.2998	0.0448	-0.2391	0.0988	0.0783	0.0546	-0.1102	0.0218	-0.0526	-0.1788	0.0145	-0.187	34.794	49.809	53.308
4	2.6964	0.2137	1.8374	5.1562	-1.5624	7.9918	-0.5808	0.587	0.5811	-0.2608	0.2666	0.1233	-0.8608	0.1187	0.3142	-0.0318	-0.1118	-0.1188	-0.0054	0.0962	-0.1735	17.95	72.285	49.041
5	4.2965	1.3238	-0.6751	2.1677	-1.196	2.604	0.1381	-0.0101	0.6003	0.1808	-0.3448	0.3357	-0.1521	-0.1776	0.2068	0.1072	0.0213	-0.0627	0.1434	-0.2438	0.2731	34.788	-6.514	29.393
6	4.9486	-0.3491	1.825	4.5908	2.674	7.0707	0.1431	-0.4261	0.198	0.0982	0.0369	0.0732	0.1867	0.0074	-0.18	-0.1523	-0.0572	0.0438	-0.0447	-0.0584	-0.1093	19.232	-30.808	24.763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	221 - 314
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	26 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	220 - 314
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	26 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	219 - 316

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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