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- PDB-2v24: Structure of the human SPRY domain-containing SOCS box protein SSB-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v24
タイトルStructure of the human SPRY domain-containing SOCS box protein SSB-4
要素SPRY DOMAIN-CONTAINING SOCS BOX PROTEIN 4
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination ...positive regulation of protein polyubiquitination / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily ...SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / SPRY domain-containing SOCS box protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Uppenberg, J. / Bullock, A. / Keates, T. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...Uppenberg, J. / Bullock, A. / Keates, T. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Par-4 Recognition by the Spry Domain-and Socs Box-Containing Proteins Spsb1, Spsb2, and Spsb4.
著者: Filippakopoulos, P. / Low, A. / Sharpe, T.D. / Uppenberg, J. / Yao, S. / Kuang, Z. / Savitsky, P. / Lewis, R.S. / Nicholson, S.E. / Norton, R.S. / Bullock, A.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY DOMAIN-CONTAINING SOCS BOX PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8152
ポリマ－22,7571
非ポリマー591
水1,40578
1
A: SPRY DOMAIN-CONTAINING SOCS BOX PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: SPRY DOMAIN-CONTAINING SOCS BOX PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6314
ポリマ－45,5132
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area1990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.220, 104.220, 40.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2054-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SPRY DOMAIN-CONTAINING SOCS BOX PROTEIN 4 / SSB-4


分子量: 22756.725 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 28-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q96A44
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST TWO RESIDUES REMAIN FROM A CLEAVED HIS6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M NACACOD PH6.5, 14.4% PEG10K, 0.16 M CAAC2, 20% GLYCEROL, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03315
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.1 Å / Num. obs: 13208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0034精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FNJ

2fnj


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 16.377 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 648 4.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 12517 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.05 Å2-2.03 Å20 Å2
2---4.05 Å20 Å2
3---6.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 1 78 1600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9412150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92432565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9795197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.56522.53571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67315236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6921513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.66331250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.651564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7688707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.91111585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.342 51
Rwork0.32 909
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.92082.4485-0.35577.8447-0.1393.1909-0.0636-0.1152-0.0699-0.10.13250.07640.2087-0.2197-0.069-0.2827-0.0734-0.0411-0.07610.0023-0.0628-39.402727.6468-4.035
26.44912.1901-1.34857.4962-1.35250.65050.0587-0.5623-0.85670.1894-0.1937-0.88930.1122-0.03450.135-0.1158-0.0786-0.068-0.00870.088-0.0992-30.91823.75551.5035
312.20140.47446.23193.5236-6.110314.6962-0.0637-0.0882-1.262-0.8068-0.6007-1.9184-0.31380.96390.6644-0.0030.0350.111-0.10870.12331.0371-16.281219.1803-2.2732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 152
3X-RAY DIFFRACTION2A175 - 233
4X-RAY DIFFRACTION3A157 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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