PDB-2uzc: Structure of human PDLIM5 in complex with the C-terminal peptide ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uzc

タイトル

Structure of human PDLIM5 in complex with the C-terminal peptide of human alpha-actinin-1

要素

PDZ AND LIM DOMAIN 5

キーワード

SIGNALING PROTEIN / METAL-BINDING / ENIGMA HOMOLOG / PHOSPHORYLATION / LIM DOMAIN / PDZ DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

muscle structure development / cell growth involved in cardiac muscle cell development / muscle alpha-actinin binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of dendritic spine morphogenesis / actinin binding / Neurexins and neuroligins / regulation of synapse assembly / filamentous actin / stress fiber ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bunkoczi, G. / Elkins, J. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Turnbull, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual binding interactions in PDZ domain crystal structures help explain binding mechanisms.
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R. / Doyle, D.A.

履歴

登録	2007年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年1月28日	Group: Database references / Other
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uzc.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uzc.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pa1C 2pktSC 2pntC 2q3gC 2v1wC 2w7rC 2uyy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z88-5 6qjd-4 1kwa-2 2rpn-d 2asc-d 2f40-d 4icu-3 5j7d-7 5ytx-d 5klf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PDZ AND LIM DOMAIN 5

B: PDZ AND LIM DOMAIN 5

C: PDZ AND LIM DOMAIN 5

D: PDZ AND LIM DOMAIN 5

E: PDZ AND LIM DOMAIN 5

ヘテロ分子

46.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PDZ AND LIM DOMAIN 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PDZ AND LIM DOMAIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PDZ AND LIM DOMAIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: PDZ AND LIM DOMAIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: PDZ AND LIM DOMAIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.250, 36.474, 88.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.71731, -0.6454, -0.26254), (0.5981, -0.76365, 0.24314), (-0.35741, 0.01738, 0.93378)	20.2177, -15.0469, 22.95777
2	given	(-0.19437, 0.98072, 0.02022), (0.97218, 0.18985, 0.13717), (0.13068, 0.04632, -0.99034)	-13.56198, -36.80161, 32.61575
3	given	(0.34988, 0.92298, -0.16026), (-0.91094, 0.2953, -0.28809), (-0.21857, 0.24678, 0.9441)	6.8579, 12.03168, 39.62221
4	given	(0.67922, -0.65864, 0.32381), (-0.68185, -0.72953, -0.05365), (0.27157, -0.18435, -0.9446)	-31.24924, -15.49909, 12.26183

#1: タンパク質	PDZ AND LIM DOMAIN 5 / HUMAN PDLIM5 分子量: 9317.584 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 1-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q8WVK0, UniProt: Q96HC4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE LAST 4 RESIDUES WERE TAGGED TO THE C-TERMINUS TO PROMOTE CRYSTAL CONTACTS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化	詳細: 20% PEG3350 0.20 M KSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.4 Å / Num. obs: 49917 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.69 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 0.83 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0034	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PKT

2pkt

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.312 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	2527	5.1 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.166	47380	79.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.97 Å²	0 Å²	-0.56 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3188	0	14	460	3662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.964	4523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.93	3	5519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.926	25.786	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.659	15	591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.015	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.254	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.169	3	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.2	5	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.178	8	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.097	11	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.34	72
R_work	0.251	1339

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3815	-0.5863	-1.4732	0.5006	-0.2328	2.1222	0.0845	0.1173	0.184	0.1355	0.0102	-0.0685	-0.2794	-0.1072	-0.0947	0.0441	-0.0198	0.0193	-0.0552	-0.006	-0.0432	9.907	2.9667	-0.1126
2	2.1096	0.6894	1.0416	0.8964	0.3257	1.8262	0.0613	-0.0393	-0.1945	0.0893	-0.0837	-0.1714	-0.0028	-0.0708	0.0223	-0.0283	-0.0064	-0.0028	-0.0637	0.0008	-0.0003	11.241	-11.363	19.1072
3	1.3577	-0.0951	0.5717	0.5142	0.1882	0.8041	-0.0374	0.0702	-0.0124	0.0018	0.0742	0.0095	-0.002	0.0639	-0.0368	-0.0325	-0.006	0.0016	-0.0068	-0.007	-0.0207	-12.5631	-26.5388	34.2257
4	1.4695	0.0226	-0.7027	0.5064	0.0093	1.2075	-0.0194	-0.0584	-0.0054	0.0013	0.0017	-0.0563	-0.0452	0.0298	0.0177	-0.0315	0.0013	-0.0072	-0.0212	-0.0108	-0.0135	13.1607	3.7495	38.0767
5	2.6005	-0.3202	0.1329	1.4375	-0.6613	1.936	0.0471	-0.0146	0.0076	-0.104	-0.0581	0.0053	-0.0676	-0.2102	0.011	-0.036	0.025	-0.0116	-0.0224	-0.0351	-0.0465	-26.4705	-24.4861	14.6904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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