PDB-2uy4: ScCTS1_acetazolamide crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uy4

タイトル

ScCTS1_acetazolamide crystal structure

要素

ENDOCHITINASE

キーワード

HYDROLASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / POLYSACCHARIDE DEGRADATION / CHITINASE ACTIVITY AND GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 18 / GLYCOPROTEIN / CHITIN-BINDING / CHITIN DEGRADATION / CAZY / CELL WALL / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endochitinase activity / septum digestion after cytokinesis / fungal-type cell wall / cellular bud neck / chitinase / fungal-type vacuole / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hurtado-Guerrero, R. / van Aalten, D.M.F.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of Saccharomyces Cerevisiae Chitinase 1 and Screening-Based Discovery of Potent Inhibitors.
著者: Hurtado-Guerrero, R. / Van Aalten, D.M.F.

履歴

登録	2007年4月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uy4.cif.gz	71.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uy4.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uy4_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uy4_full_validation.pdf.gz	418.8 KB	表示
XML形式データ	2uy4_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	2uy4_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/2uy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uy2C 2uy3C 2uy5C 2hvmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4txe-d 2uy2-d 2uy3-d 6d7y-d 1csb-2 5hcv-2 3ai8-2 2rtc-d 2ipp-d 4oec-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENDOCHITINASE

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.449, 113.516, 37.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2040- HOH

#1: タンパク質	ENDOCHITINASE / SOLUBLE CELL WALL PROTEIN 2 / SCCTS1 分子量: 31530.234 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-315 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P29029, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド分子量: 222.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O₃S₂ / コメント: 薬剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 30667 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HVM

2hvm

解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.038 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	639	2.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	29997	95.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2147	0	13	177	2337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.948	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.345	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.323	26.095	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.42	15	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.011	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.648	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.831	1.5	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.309	2	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.954	3	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.931	4.5	794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.8 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.317	54
R_work	0.26	2186

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5665	-0.2869	0.1427	1.6182	0.1245	0.7713	-0.1617	0.0235	0.2495	-0.0843	0.0727	0.0587	-0.057	0.0055	0.089	-0.078	-0.0232	-0.025	-0.1485	-0.0086	-0.1203	42.6101	21.8843	32.8485
2	2.0119	-0.102	0.1298	1.7532	-0.0737	1.2332	-0.1581	0.0044	0.0496	-0.0461	0.0868	0.1032	-0.0676	0.0001	0.0712	-0.1094	-0.0077	-0.0091	-0.157	-0.0214	-0.1766	42.08	17.6916	32.6862
3	2.4893	0.1111	-0.314	1.6961	0.0211	0.7346	-0.0468	-0.0487	-0.172	0.0258	0.0581	-0.0511	0.1005	-0.0077	-0.0113	0.1933	0.0133	-0.0124	0.1396	-0.0094	0.1552	47.9605	11.1064	34.8943
4	4.4081	-0.1343	-0.486	6.7211	-0.3142	1.8544	-0.1442	0.2049	0.2782	0.0471	0.0909	0.2442	-0.2054	-0.12	0.0533	-0.0025	0.041	0.0395	0.0745	-0.0858	0.1209	30.3502	27.9787	35.1067
5	2.5191	-0.9215	-0.0133	3.3379	-0.1533	1.0539	-0.0102	-0.0199	0.1262	0.1099	-0.0165	-0.0126	0.076	0.152	0.0267	0.1223	-0.008	0.0103	0.2434	-0.0074	0.0628	40.4851	17.0186	37.3614
6	26.7389	-0.43	13.2612	40.4524	-31.5126	71.1716	-1.5027	2.0117	0.8321	-0.6965	0.9064	0.0834	2.8714	0.6375	0.5963	-0.0166	-0.0454	-0.0327	-0.0269	-0.0132	-0.107	38.3182	21.0053	23.3759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 310
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 14
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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