[日本語] English
万見
- PDB-2uwi: Structure of CrmE, a poxvirus TNF receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uwi
タイトルStructure of CrmE, a poxvirus TNF receptor
要素CRME PROTEIN
キーワードRECEPTOR / POXVIRUS TNF RECEPTOR / RECEPTOR IMMUNOMODULATOR / TNF ALPHA RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / regulation of T cell cytokine production / negative regulation of neuroinflammatory response / tumor necrosis factor binding / positive regulation of myelination / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor receptor, N-terminal, viral / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Graham, S.C. / Bahar, M.W. / Abrescia, N.G. / Smith, G.L. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of Crme, a Virus-Encoded Tumour Necrosis Factor Receptor.
著者: Graham, S.C. / Bahar, M.W. / Abrescia, N.G. / Smith, G.L. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRME PROTEIN
B: CRME PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7442
ポリマ－31,7442
非ポリマー00
水3,459192
1
A: CRME PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8721
ポリマ－15,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CRME PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8721
ポリマ－15,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.380, 56.490, 122.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CRME PROTEIN / CYTOKINE RESPONSE MODIFIER E


分子量: 15872.030 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH DOMAINS 1-3, RESIDUES 22-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
株: LISTER / プラスミド: PDEST14CRME / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS / 参照: UniProt: Q8UYL3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CRDS 1-3 OF CRME, C-TERMINAL HIS TAGGED CONSTRUCT.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 NL PROTEIN (6 MG/ML CRME IN 20 MM TRIS 150 MM NACL PH 8.0) AND 100 NL RESERVOIR (0.1 M CITRATE PH 5.0 PLUS 30% W/V PEG 6000) SITTING DROPS AT 20C EQUILIBRATED AGAINST 100 UL RESERVOIRS.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月14日 / 詳細: SILICON TOROIDAL MIRROR COATED WITH RHODIUM
放射モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 20089 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTERTNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→39.193 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFINED IN BUSTER TNT BETA VERSION 2.1.1 SIDECHAINS OF RESIDUES A 24 (GLN), A52 (LYS), A53 (TYR), A148 (ARG), B24 (GLN), B86 (ASN), B148 (ARG) WERE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY AND WERE NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1014 5 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs-19013 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 0 192 2092
拘束条件
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る