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- PDB-2tec: MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT OF A THERMITASE-EGLIN-C COMPLEX AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tec
タイトルMOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT OF A THERMITASE-EGLIN-C COMPLEX AT 1.98 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON OF TWO CRYSTAL FORMS THAT DIFFER IN CALCIUM CONTENT
要素
  • EGLIN C
  • THERMITASE
キーワードCOMPLEX(SERINE PROTEINASE-INHIBITOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


thermitase / response to wounding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thermitase-like, domain / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site ...Thermitase-like, domain / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eglin C / Thermitase
類似検索 - 構成要素
生物種Hirudinaria manillensis (無脊椎動物)
Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Gros, P. / Betzel, C. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Molecular dynamics refinement of a thermitase-eglin-c complex at 1.98 A resolution and comparison of two crystal forms that differ in calcium content.
著者: Gros, P. / Betzel, C. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.
履歴
登録1990年10月26日処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: THERMITASE
I: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6055
ポリマ－36,4852
非ポリマー1203
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.060, 67.230, 90.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE PRO E 172 IS A CIS PROLINE.
2: THE BOND PRO E 214 - THR E 215 IS IN THE CIS CONFORMATION.

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要素

#1: タンパク質 THERMITASE


分子量: 28384.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
参照: UniProt: P04072, thermitase
#2: タンパク質 EGLIN C


分子量: 8100.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hirudinaria manillensis (無脊椎動物)
発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01051
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERMITASE RESIDUE 199 IS A VALINE ACCORDING TO AMINO ACID SEQUENCE DETERMINATION BY MELOUN ET AL. ...THERMITASE RESIDUE 199 IS A VALINE ACCORDING TO AMINO ACID SEQUENCE DETERMINATION BY MELOUN ET AL. (FEBS LETT. V. 183, P. 195-199), BUT THE ELECTRON DENSITY SHOWS A TRYPTOPHAN. HOWEVER A TRP HAS NOT BEEN MODELLED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 19-21 ℃ / pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: half of the reservoirs contained 0.5 M NaCl
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlthermitase1drop
21.7 mg/mleglin c1drop
337.5 mMsodium acetate1drop
45 mM1dropCaCl2
55 %PEG40001drop
68-22 %PEG40001reservoir
70.5 M1reservoirNaCl

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 3.5 Å / Num. obs: 26664 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Num. measured all: 94298

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解析

ソフトウェア名称: GROMOS / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.165 / 最高解像度: 1.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 3 224 2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.73
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d16.77
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.98 Å / Rfactor obs: 0.165 / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 19730 / σ(F): 1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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