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- PDB-2sqc: SQUALENE-HOPENE CYCLASE FROM ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sqc
タイトルSQUALENE-HOPENE CYCLASE FROM ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS
要素SQUALENE-HOPENE CYCLASE
キーワードISOMERASE / TRITERPENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / QW-SEQUENCE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / triterpenoid biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Squalene hopene cyclase / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 ...Squalene hopene cyclase / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Squalene--hopene cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wendt, K.U. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The structure of the membrane protein squalene-hopene cyclase at 2.0 A resolution.
著者: Wendt, K.U. / Lenhart, A. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structure and Function of a Squalene Cyclase
著者: Wendt, K.U. / Poralla, K. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Squalene-Hopene Cyclase from Alicyclobacillus Acidocaldarius
著者: Wendt, K.U. / Feil, C. / Lenhart, A. / Poralla, K. / Schulz, G.E.
履歴
登録1998年8月2日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SQUALENE-HOPENE CYCLASE
B: SQUALENE-HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,0838
ポリマ－143,2442
非ポリマー1,8396
水27,2931515
1
A: SQUALENE-HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2353
ポリマ－71,6221
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SQUALENE-HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8485
ポリマ－71,6221
非ポリマー1,2264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.820, 118.820, 276.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999, -0.007, 0.054), (0.008, -1, 0.018), (0.054, 0.019, 0.998)
ベクター: 114.844, 117.469, -4.2373)

-
要素

#1: タンパク質 SQUALENE-HOPENE CYCLASE


分子量: 71622.031 Da / 分子数: 2 / 変異: D376C, C435S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / 細胞株: JM105 / 細胞内の位置: MEMBRANE / プラスミド: PKK223-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞株 (発現宿主): JM105 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12
参照: UniProt: P33247, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細MODEL OF THE PROPOSED CATALYTIC BASE IS INDICATED BY ATOM O HOH 1 98.147 29.292 33.208 1.00 28.41

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
20.3 %(w/v)detergent1drop
350 mMsodium citrate1drop
4100 mMsodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49 Å / Num. obs: 523124 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 59
反射
*PLUS
Num. obs: 120483 / Num. measured all: 523124 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 % / Num. unique obs: 5694 / Num. measured obs: 9054 / Rmerge(I) obs: 0.146

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SQC

1sqc


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18
詳細: INITIAL REFINEMENT USING XPLOR, FOLLOWED BY REFINEMENT USING REFMAC. THE BULK SOLVENT CORRECTION OF X-PLOR USED THROUGHOUT THE REFINEMENT. PRODUCT HOPENE MODELED IN ACTIVE SITE (SEE THE ...詳細: INITIAL REFINEMENT USING XPLOR, FOLLOWED BY REFINEMENT USING REFMAC. THE BULK SOLVENT CORRECTION OF X-PLOR USED THROUGHOUT THE REFINEMENT. PRODUCT HOPENE MODELED IN ACTIVE SITE (SEE THE LITERATURE FOR HOPENE NOMENCLATURE) C1 HOP X 13 103.614 31.179 20.850 1.00 20.00 C2 HOP X 13 104.002 31.723 19.469 1.00 20.00 C3 HOP X 13 102.849 32.537 18.869 1.00 20.00 C4 HOP X 13 102.333 33.739 19.747 1.00 20.00 C5 HOP X 13 102.047 33.170 21.166 1.00 20.00 C6 HOP X 13 101.550 34.176 22.155 1.00 20.00 C7 HOP X 13 100.764 33.510 23.240 1.00 20.00 C8 HOP X 13 101.590 32.510 24.080 1.00 20.00 C9 HOP X 13 102.405 31.574 23.074 1.00 20.00 C10 HOP X 13 103.110 32.276 21.878 1.00 20.00 C11 HOP X 13 103.240 30.601 23.915 1.00 20.00 C12 HOP X 13 102.398 29.750 24.828 1.00 20.00 C13 HOP X 13 101.537 30.606 25.808 1.00 20.00 C14 HOP X 13 100.665 31.555 24.953 1.00 20.00 C15 HOP X 13 99.813 32.389 26.001 1.00 20.00 C22 HOP X 13 99.698 30.849 30.226 1.00 20.00 C23 HOP X 13 103.398 34.803 19.717 1.00 20.00 C24 HOP X 13 101.099 34.259 19.068 1.00 20.00 C25 HOP X 13 104.383 33.039 22.288 1.00 20.00 C26 HOP X 13 102.570 33.339 24.968 1.00 20.00 C27 HOP X 13 99.678 30.771 24.088 1.00 20.00 C28 HOP X 13 100.156 28.456 26.313 1.00 20.00 C29 HOP X 13 98.842 29.609 30.376 1.00 20.00 C30 HOP X 13 99.828 31.851 31.405 1.00 20.00
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 6059 5.3 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs-114164 90 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9988 0 126 1515 11629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.153
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Num. reflection Rwork: 4807 / Rfactor obs: 0.196

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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