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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2sqc | ||||||
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タイトル | SQUALENE-HOPENE CYCLASE FROM ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS | ||||||
![]() | SQUALENE-HOPENE CYCLASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / TRITERPENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / QW-SEQUENCE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / lanosterol synthase activity / triterpenoid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wendt, K.U. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the membrane protein squalene-hopene cyclase at 2.0 A resolution. 著者: Wendt, K.U. / Lenhart, A. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Structure and Function of a Squalene Cyclase 著者: Wendt, K.U. / Poralla, K. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Squalene-Hopene Cyclase from Alicyclobacillus Acidocaldarius 著者: Wendt, K.U. / Feil, C. / Lenhart, A. / Poralla, K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 233.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999, -0.007, 0.054), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71622.031 Da / 分子数: 2 / 変異: D376C, C435S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / 細胞株: JM105 / 細胞内の位置: MEMBRANE / プラスミド: PKK223-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞株 (発現宿主): JM105 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC MEMBRANE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33247, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | MODEL OF THE PROPOSED CATALYTIC BASE IS INDICATED BY ATOM O HOH 1 98.147 29.292 33.208 1.00 28.41 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→49 Å / Num. obs: 523124 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 59 |
反射 | *PLUS Num. obs: 120483 / Num. measured all: 523124 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59 % / Num. unique obs: 5694 / Num. measured obs: 9054 / Rmerge(I) obs: 0.146 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SQC 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 詳細: INITIAL REFINEMENT USING XPLOR, FOLLOWED BY REFINEMENT USING REFMAC. THE BULK SOLVENT CORRECTION OF X-PLOR USED THROUGHOUT THE REFINEMENT. PRODUCT HOPENE MODELED IN ACTIVE SITE (SEE THE ...詳細: INITIAL REFINEMENT USING XPLOR, FOLLOWED BY REFINEMENT USING REFMAC. THE BULK SOLVENT CORRECTION OF X-PLOR USED THROUGHOUT THE REFINEMENT. PRODUCT HOPENE MODELED IN ACTIVE SITE (SEE THE LITERATURE FOR HOPENE NOMENCLATURE) C1 HOP X 13 103.614 31.179 20.850 1.00 20.00 C2 HOP X 13 104.002 31.723 19.469 1.00 20.00 C3 HOP X 13 102.849 32.537 18.869 1.00 20.00 C4 HOP X 13 102.333 33.739 19.747 1.00 20.00 C5 HOP X 13 102.047 33.170 21.166 1.00 20.00 C6 HOP X 13 101.550 34.176 22.155 1.00 20.00 C7 HOP X 13 100.764 33.510 23.240 1.00 20.00 C8 HOP X 13 101.590 32.510 24.080 1.00 20.00 C9 HOP X 13 102.405 31.574 23.074 1.00 20.00 C10 HOP X 13 103.110 32.276 21.878 1.00 20.00 C11 HOP X 13 103.240 30.601 23.915 1.00 20.00 C12 HOP X 13 102.398 29.750 24.828 1.00 20.00 C13 HOP X 13 101.537 30.606 25.808 1.00 20.00 C14 HOP X 13 100.665 31.555 24.953 1.00 20.00 C15 HOP X 13 99.813 32.389 26.001 1.00 20.00 C22 HOP X 13 99.698 30.849 30.226 1.00 20.00 C23 HOP X 13 103.398 34.803 19.717 1.00 20.00 C24 HOP X 13 101.099 34.259 19.068 1.00 20.00 C25 HOP X 13 104.383 33.039 22.288 1.00 20.00 C26 HOP X 13 102.570 33.339 24.968 1.00 20.00 C27 HOP X 13 99.678 30.771 24.088 1.00 20.00 C28 HOP X 13 100.156 28.456 26.313 1.00 20.00 C29 HOP X 13 98.842 29.609 30.376 1.00 20.00 C30 HOP X 13 99.828 31.851 31.405 1.00 20.00
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.153 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Num. reflection Rwork: 4807 / Rfactor obs: 0.196 |