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- PDB-3jqq: Crystal structure of the H286K mutant of Ferredoxin-NADP+ reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jqq
タイトルCrystal structure of the H286K mutant of Ferredoxin-NADP+ reductase from Plasmodium falciparum in complex with 2'P-AMP
要素Ferredoxin NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-NADP+ reductase / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-[NAD(P)H] reductase activity / regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / apicoplast / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / FAD binding / electron transfer activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. ...Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase, apicoplast
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Canevari, G. / Milani, M. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Plasmodium falciparum ferredoxin-NADP+ reductase His286 plays a dual role in NADP(H) binding and catalysis
著者: Crobu, D. / Canevari, G. / Milani, M. / Pandini, V. / Vanoni, M.A. / Bolognesi, M. / Zanetti, G. / Aliverti, A.
履歴
登録2009年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin NADP reductase
B: Ferredoxin NADP reductase
C: Ferredoxin NADP reductase
D: Ferredoxin NADP reductase
E: Ferredoxin NADP reductase
F: Ferredoxin NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,11918
ポリマ－223,8426
非ポリマー7,27712
水20,8971160
1
A: Ferredoxin NADP reductase
B: Ferredoxin NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0406
ポリマ－74,6142
非ポリマー2,4264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
2
C: Ferredoxin NADP reductase
D: Ferredoxin NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0406
ポリマ－74,6142
非ポリマー2,4264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-24.2 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
3
E: Ferredoxin NADP reductase
F: Ferredoxin NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0406
ポリマ－74,6142
非ポリマー2,4264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-31.4 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.243, 124.243, 134.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Ferredoxin NADP reductase


分子量: 37307.023 Da / 分子数: 6 / 断片: residues in UNP 56-371 / 変異: H286K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PfFNR, PFF1115w / プラスミド: pET-PfFNR-H286K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: C6KT68, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch with permeable oil / pH: 5.4
詳細: 20% isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1M citrate-NaOH, 2mM 2'P-AMP(Cocrystallization), pH 5.4, Microbatch with permeable oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→83.918 Å / Num. all: 117739 / Num. obs: 117739 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 17208 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OK7

2ok7


解像度: 2.2→62.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30797 5894 5 %RANDOM
Rwork0.2562 ---
all0.25879 111762 --
obs0.25879 111762 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20.94 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----2.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13096 0 480 1160 14736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02213930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.99318890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.09451533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64124.459693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.32152368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1461542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1281.57767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.677212593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51636163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8814.56297
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 439 -
Rwork0.308 8334 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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