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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2sge | ||||||
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タイトル | GLU 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B AT PH 10.7 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / SERINE PROTEINASE / PROTEIN INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with ...タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with Streptomyces griseus proteinase B. 著者: Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski, M. / James, M.N. #1: ![]() タイトル: Structure of the Complex of Streptomyces griseus Protease B and the Third Domain of the Turkey Ovomucoid Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18653.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: K1 / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5601.245 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN / Mutation: DEL(1-5), L18E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.24 % |
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結晶化 | pH: 10.7 / 詳細: 0.4M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AT PH 10.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 17051 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SGB 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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