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- PDB-2sec: STRUCTURAL COMPARISON OF TWO SERINE PROTEINASE-PROTEIN INHIBITOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sec
タイトルSTRUCTURAL COMPARISON OF TWO SERINE PROTEINASE-PROTEIN INHIBITOR COMPLEXES. EGLIN-C-SUBTILISIN CARLSBERG AND CI-2-SUBTILISIN NOVO
要素
  • EGLIN C
  • SUBTILISIN CARLSBERG
キーワードCOMPLEX(SERINE PROTEINASE-INHIBITOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / response to wounding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 ...Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin Carlsberg / Eglin C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mcphalen, C.A. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Structural comparison of two serine proteinase-protein inhibitor complexes: eglin-c-subtilisin Carlsberg and CI-2-subtilisin Novo.
著者: McPhalen, C.A. / James, M.N.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1985
タイトル: Crystal and Molecular Structure of the Inhibitor Eglin from Leeches in Complex with Subtilisin Carlsberg
著者: Mcphalen, C.A. / Schnebli, H.P. / James, M.N.G.
履歴
登録1988年9月5日処理サイト: BNL
置き換え1988年9月7日ID: 1SEC
改定 1.01988年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE CROSS-OVER CONNECTION BETWEEN STRANDS 1 AND 2 OF SHEET S1E IS LEFT-HANDED. THE BETA-SHEET ...SHEET THE CROSS-OVER CONNECTION BETWEEN STRANDS 1 AND 2 OF SHEET S1E IS LEFT-HANDED. THE BETA-SHEET OF THE INHIBITOR IS IRREGULAR, WITH WELL-ORDERED WATER MOLECULES PROVIDING ALL HYDROGEN-BONDING BRIDGES BETWEEN STRANDS 2 AND 3. SEE THE REFERENCE CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: SUBTILISIN CARLSBERG
I: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5255
ポリマ－35,4052
非ポリマー1203
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.310, 41.410, 56.500
Angle α, β, γ (deg.)69.51, 83.67, 75.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUE PRO E 168 IS A CIS PROLINE. / 2: RESIDUE THR E 211 IS A CIS THREONINE.

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN CARLSBERG


分子量: 27306.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
参照: UniProt: P00780, subtilisin
#2: タンパク質 EGLIN C


分子量: 8099.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01051
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SUBTILISIN HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *E* AND EGLIN C HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER ...SUBTILISIN HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *E* AND EGLIN C HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *I*. THE AMINO ACID SEQUENCE NUMBERING USED FOR EGLIN C IS BASED ON A SEQUENCE ALIGNMENT WITH CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2 (CI-2) AND USES THE CI-2 NUMBERING SCHEME. THE STRUCTURE OF SUBTILISIN CARLSBERG WAS REFINED ON THE BASIS OF THE PUBLISHED AMINO ACID SEQUENCE OF THE PROTEIN (E.L.SMITH ET AL., J. BIOL. CHEM., V. 243, P. 2184, 1968). THE DNA SEQUENCE OF A CARLSBERG-LIKE ENZYME FROM BACILLUS LICHENIFORMIS (JACOBS ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., V. 13, P. 8913, 1985) DIFFERS FROM THE ORIGINAL AMINO ACID SEQUENCE OF SUBTILISIN CARLSBERG AT FIVE POSITIONS - SMITH JACOBS SER E 103 THR E 103 ALA E 129 PRO E 129 ASN E 158 SER E 158 SER E 161 ASN E 161 ASN E 212 SER E 212 THE ELECTRON DENSITY AT POSITION 158 COULD BE CONSISTENT WITH THE DNA SEQUENCE. THE DENSITY AT THE OTHER FOUR POSITIONS IS CONSISTENT WITH THE RESULTS OF THE PROTEIN SEQUENCING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: McPhalen, C.A., (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 82, 7242.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.4 Mammonium sulfate1reservoir
250 mM1reservoirKH2PO4

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(I): 1 /
Rfactor反射数
obs0.136 27094
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2450 0 3 170 2623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.016
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1460.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.136
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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