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- PDB-2rsx: Solution structure of IseA, an inhibitor protein of DL-endopeptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rsx
タイトルSolution structure of IseA, an inhibitor protein of DL-endopeptidases from Bacillus subtilis
要素Uncharacterized protein yoeB
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / inhibitor protein / hacksaw-like fold / autolysin inhibitor / DL-endopeptidase inhibitor
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #420 / DL-endopeptidase inhibitor IseA / : / IseA DL-endopeptidase inhibitor / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein YoeB
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Arai, R. / Li, H. / Tochio, N. / Fukui, S. / Kobayashi, N. / Kitaura, C. / Watanabe, S. / Kigawa, T. / Sekiguchi, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Solution Structure of IseA, an Inhibitor Protein of DL-Endopeptidases from Bacillus subtilis, Reveals a Novel Fold with a Characteristic Inhibitory Loop
著者: Arai, R. / Fukui, S. / Kobayashi, N. / Sekiguchi, J.
履歴
登録2012年8月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yoeB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7281
ポリマ－17,7281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein yoeB / IseA / Inhibitor protein of cell Separation Enzyme


分子量: 17728.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yoeB / 発現宿主: E. coli CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 参照: UniProt: O34841
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HBHA(CO)NH
11013D C(CCO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D (H)CCH-COSY
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.12 mM [U-13C; U-15N] IseA-1, 20 mM [U-2H] TRIS-2, 300 mM sodium chloride-3, 0.02 % sodium azide-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.12 mMIseA-1[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS-2[U-2H]1
300 mMsodium chloride-31
0.02 %sodium azide-41
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA2.0.17Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3659 / NOE intraresidue total count: 852 / NOE long range total count: 1320 / NOE medium range total count: 651 / NOE sequential total count: 836
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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