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万見
- PDB-2rod: Solution Structure of MCL-1 Complexed with NoxaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rod
タイトルSolution Structure of MCL-1 Complexed with NoxaA
要素
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
  • NoxaPhorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / Mcl-1 / NoxaA / BH3-only / Bcl-2 (Bcl-2) / Cytoplasm (細胞質) / Developmental protein (ヒトの発達) / Differentiation / Membrane (生体膜) / Mitochondrion (ミトコンドリア) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial fusion / channel activity / fibroblast apoptotic process ...Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / BH domain binding / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial fusion / channel activity / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / T cell homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of anoikis / response to X-ray / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to UV / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / 細胞分化 / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsStructure of BH3 domain of the BH3-only protein NoxaA bound to Mcl-1
データ登録者Day, C.L. / Smits, C. / Fan, F.C. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the BH3 Domains from the p53-Inducible BH3-Only Proteins Noxa and Puma in Complex with Mcl-1
著者: Day, C.L. / Smits, C. / Fan, F.C. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G.
履歴
登録2008年3月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Noxa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3012
ポリマ－21,3012
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / Mcl-1


分子量: 18260.670 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 152-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mcl-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P97287
#2: タンパク質・ペプチド Noxa / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / NoxaA


分子量: 3040.490 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-42 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Noxa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9JM54

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of BH3 domain of the BH3-only protein NoxaA bound to Mcl-1
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D HNHA
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-13C NOESY
1623D HNHA
NMR実験の詳細Text: standard 3D heteronuclear NMR methods were used for resonance assignment

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mcl-1; 0.5mM NoxaA; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5mM Mcl-1; 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NoxaA; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMcl-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMNoxaA1
0.5 mMMcl-12
0.5 mMNoxaA[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 120 mM / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
XEASY1.3Bartels et al.peak picking
XEASY1.3Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3Bartels et al.データ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were calculated based on a total of 3355 constraints. 2662 are NOE derived and 184 of these are intermolecular. A total of 325 dihedral angle constraints were used and 184 hydrogen bonds.
NMR constraintsNOE constraints total: 2662 / NOE intraresidue total count: 849 / NOE long range total count: 725 / NOE medium range total count: 545 / NOE sequential total count: 543 / Hydrogen bond constraints total count: 184 / Protein phi angle constraints total count: 175 / Protein psi angle constraints total count: 150
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å / Distance rms dev error: 0.0009 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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