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- PDB-2rez: Tetracenomycin ARO/CYC NaI Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rez
タイトルTetracenomycin ARO/CYC NaI Structure
要素Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TETRACENOMYCIN / POLYKETIDE / AROMATASE / CYCLASE / DEHYDRATASE / HELIX-GRIP / DOUBLE-HOT-DOG / Antibiotic biosynthesis / Methyltransferase / Multifunctional enzyme / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tetracenomycin F2 synthase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation
類似検索 - 分子機能
Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IODIDE ION / Tetracenomycin biosynthesis bifunctional cyclase/O-methyl transferase TcmN
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces glaucescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ames, B.D. / Tsai, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and functional analysis of tetracenomycin ARO/CYC: implications for cyclization specificity of aromatic polyketides.
著者: Ames, B.D. / Korman, T.P. / Zhang, W. / Smith, P. / Vu, T. / Tang, Y. / Tsai, S.C.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9788
ポリマ－18,2251
非ポリマー7537
水2,270126
1
A: Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN
ヘテロ分子

A: Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,95616
ポリマ－36,4512
非ポリマー1,50514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.788, 73.788, 101.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN


分子量: 18225.330 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces glaucescens (バクテリア)
遺伝子: tcmN / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16559
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM IODIDE, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-3 / 波長: 0.97354 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月28日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97354 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 21122 / Num. obs: 21102 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 2074 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RER

2rer


解像度: 1.95→36.9 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3109 -Random
Rwork0.206 ---
all-21022 --
obs-20297 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å2--
2---3.2 Å2-
3---6.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 13 126 1405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 497 -
Rwork0.229 --
obs--94.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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