PDB-2re3: CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF1285 family protein (SPO_0140) FROM SIL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2re3

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF1285 family protein (SPO_0140) FROM SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 AT 2.50 A RESOLUTION

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Protein of unknown function (DUF1285), C-terminal domain / duf1285 protein / duf1285 like domain / Protein of unknown function DUF1285 / DUF1285, beta-roll domain superfamily / : / Domain of unknown function (DUF1285), N-terminal domain / duf1285 like fold / duf1285 protein fold ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structures of the first representatives of Pfam family PF06938 (DUF1285) reveal a new fold with repeated structural motifs and possible involvement in signal transduction.
著者: Han, G.W. / Bakolitsa, C. / Miller, M.D. / Kumar, A. / Carlton, D. / Najmanovich, R.J. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, ...

履歴

登録	2007年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2re3.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2re3.ent.gz	71 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2re3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2re3_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2re3_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	2re3_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	2re3_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2re3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2re3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ra9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gz0-d 3h8h-2 3h8h-3 4w2q-4 1l0b-d 4d8d-2 1vl5-3 4q5p-2 7kjo-d 6f2m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 374660

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.370, 75.370, 182.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 192 / Label seq-ID: 11 - 193

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 21607.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア) 生物種: Silicibacter pomeroyi / 株: DSS-3, DSM 15171 / 遺伝子: YP_165412.1, SPO0140 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LWU5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NANODROP, 20.0% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97908, 0.97935

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97908	1
3	0.97935	1

反射

解像度: 2.5→29.488 Å / Num. obs: 19038 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.129 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	7.6	0.76	1	10334	1357	0.76	100
2.56-2.64	7.6	0.63	1.2	10282	1348	0.63	100
2.64-2.71	7.6	0.521	1.4	9914	1306	0.521	100
2.71-2.8	7.6	0.434	1.8	9611	1268	0.434	100
2.8-2.89	7.6	0.342	2.2	9368	1228	0.342	100
2.89-2.99	7.5	0.26	2.9	8932	1186	0.26	100
2.99-3.1	7.6	0.222	3.4	8677	1144	0.222	100
3.1-3.23	7.5	0.165	4.4	8498	1127	0.165	100
3.23-3.37	7.5	0.137	5.1	8033	1070	0.137	100
3.37-3.54	7.5	0.124	5.2	7674	1025	0.124	100
3.54-3.73	7	0.138	4	6907	986	0.138	99.9
3.73-3.95	7.4	0.093	7	7009	941	0.093	100
3.95-4.23	7.4	0.07	9.2	6497	880	0.07	100
4.23-4.56	7.4	0.066	9.7	6063	822	0.066	100
4.56-5	7.3	0.061	9.9	5629	771	0.061	100
5-5.59	7.2	0.059	10.7	5036	699	0.059	100
5.59-6.45	7.1	0.079	7.4	4451	627	0.079	100
6.45-7.91	6.9	0.074	7.6	3799	551	0.074	100
7.91-11.18	6.6	0.048	10.8	2915	444	0.048	100
11.18-29.488	5.8	0.042	12.9	1501	258	0.042	94.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHARP		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.488 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 15.258 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.275
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	972	5.1 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.217	18959	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2840	0	6	186	3032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.961	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.781	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.295	22.766	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.08	15	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.427	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.077	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.875	3	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.446	3	767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.937	5	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.511	6	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.322	6	1078

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2310 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
MEDIUM THERMAL	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	78	-
R_work	0.28	1278	-
all	-	1356	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1477	0.1053	0.4754	1.6595	1.0819	4.0291	0.0389	-0.0431	-0.0899	-0.0126	0.092	-0.1995	0.2017	0.2994	-0.1309	-0.0862	-0.0045	-0.0054	-0.0501	-0.0267	-0.0452	22.5585	4.6421	46.305
2	1.0207	0.1049	-1.2136	1.1552	-0.6221	3.5886	0.1066	-0.0306	0.2002	0.02	-0.0226	0.1141	-0.2148	-0.107	-0.084	-0.098	-0.0238	0.011	-0.0387	-0.0078	-0.0504	4.2794	22.6291	39.4055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 192	11 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 193	11 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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