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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rdk | |||||||||
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タイトル | Five site mutated Cyanovirin-N with Mannose dimer bound | |||||||||
![]() | Cyanovirin-N | |||||||||
![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / Cyanovirin-N / sugar binding protein / anti HIV / Protein synthesis inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fromme, R. / Katiliene, Z. / Fromme, P. / Ghirlanda, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational gating of dimannose binding to the antiviral protein cyanovirin revealed from the crystal structure at 1.35 A resolution. 著者: Fromme, R. / Katiliene, Z. / Fromme, P. / Ghirlanda, G. #1: ![]() タイトル: A monovalent mutant of cyanovirin-n provides insight into the role of multiple interactions with gp120 for antiviral activity. 著者: Fromme, R. / Katiliene, Z. / Giomarelli, B. / Bogani, F. / Mc Mahon, J. / Mori, T. / Fromme, P. / Ghirlanda, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pysS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 20 - 30 / Label seq-ID: 20 - 30
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11949.095 Da / 分子数: 2 / 変異: K3N T7A E23I N93A P51G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6 詳細: 30% PEG 8000, 100 MM MGSO4, 2 MM MAN2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→48.45 Å / Num. obs: 43019 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 91.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PYS 解像度: 1.35→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.059 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 81 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
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