登録情報 データベース : PDB / ID : 2rdj 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Snapshots of a Y-family DNA polymerase in replication: Dpo4 in apo and binary/ternary complex forms 要素DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')DNA polymerase IV 詳細キーワード Transferase/DNA / DNA polymerase / DNA-enzyme complex / Y-family / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Magnesium / Metal-binding / Mutator protein / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transferase-DNA COMPLEX機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ... DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV 類似検索 - 構成要素生物種 Sulfolobus solfataricus (古細菌)手法 X線回折 / 解像度 : 2.2 Å 詳細データ登録者 Wong, J.H.Y. / Ling, H. 引用ジャーナル : J.Mol.Biol. / 年 : 2008タイトル : Snapshots of a Y-family DNA polymerase in replication: substrate-induced conformational transitions and implications for fidelity of Dpo4.著者 : Wong, J.H. / Fiala, K.A. / Suo, Z. / Ling, H. 履歴 登録 2007年9月24日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : RCSB改定 1.0 2008年6月24日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2011年7月13日 Group : Non-polymer description / Version format compliance改定 1.2 2017年10月11日 Group : Refinement description / カテゴリ : refine_ls_shell / software / Item : _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free改定 1.3 2023年8月30日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ... _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
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