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- PDB-2rdj: Snapshots of a Y-family DNA polymerase in replication: Dpo4 in ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdj
タイトルSnapshots of a Y-family DNA polymerase in replication: Dpo4 in apo and binary/ternary complex forms
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase / DNA-enzyme complex / Y-family / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Magnesium / Metal-binding / Mutator protein / Nucleotidyltransferase / Transferase / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wong, J.H.Y. / Ling, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Snapshots of a Y-family DNA polymerase in replication: substrate-induced conformational transitions and implications for fidelity of Dpo4.
著者: Wong, J.H. / Fiala, K.A. / Suo, Z. / Ling, H.
履歴
登録2007年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / software / Item: _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,12612
ポリマ－98,5526
非ポリマー5756
水5,495305
1
C: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9227
ポリマ－49,4283
非ポリマー4944
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')
B: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2045
ポリマ－49,1243
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.993, 102.510, 106.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is chain A alone or chain B alone.

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要素

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DNA鎖 , 3種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DT)-3')


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer strand
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')


分子量: 4889.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand from polypeptide chain A
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DC)-3')


分子量: 4584.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand from polypeptide chain B

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 40257.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: dbh, dpo4 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 4種, 311分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7
詳細: 10-15% PEG3350, 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2calcium acetate11
3HEPES11
4glycerol11
5PEG335012
6calcium acetate12
7HEPES12
8glycerol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Graded Multilayer (OSMIC) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 53280 / Num. obs: 51948 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Num. unique all: 2513 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1JX4

1jx4


解像度: 2.2→24.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.829 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2660 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.221 51924 --
obs0.221 51924 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 1202 31 305 7024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5022.2139576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5545680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.20223.636242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.631151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4481548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1520.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.53553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11525520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74434237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7564.54056
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.205→2.262 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 199 -
Rwork0.285 --
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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