PDB-2rdd: X-ray crystal structure of AcrB in complex with a novel transmemb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rdd

タイトル

X-ray crystal structure of AcrB in complex with a novel transmembrane helix.

要素

Acriflavine resistance protein B
UPF0092 membrane protein yajC

キーワード

Membrane protein/TRANSPORT PROTEIN / DRUG RESISTANCE / MULTIDRUG EFFLUX / TRANSPORTER / ANTIPORTER / MEMBRANE PROTEIN / NOVEL TRANSMEMBRANE HELIX / ACRB / YAJC / Inner membrane / Membrane protein-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Tornroth-Horsefield, S. / Gourdon, P. / Horsefield, R. / Neutze, R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of AcrB in complex with a single transmembrane subunit reveals another twist.
著者: Tornroth-Horsefield, S. / Gourdon, P. / Horsefield, R. / Brive, L. / Yamamoto, N. / Mori, H. / Snijder, A. / Neutze, R.

履歴

登録	2007年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rdd.cif.gz	197.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rdd.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rdd_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rdd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2rdd_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	2rdd_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iwgS 1oy8 2dhh 2gif 2hqc 2j8s S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cdi-1 1oy9-1 5t0o-d 3aoc-d 2v50-2 3aod-d 4zjq-1 6vkt-d 6vks-d 2v50-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein B

B: UPF0092 membrane protein yajC

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acriflavine resistance protein B

B: UPF0092 membrane protein yajC

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

B: UPF0092 membrane protein yajC

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

B: UPF0092 membrane protein yajC

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
356 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.097, 145.097, 511.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein B 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質・ペプチド	UPF0092 membrane protein yajC 分子量: 4447.506 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 19-55 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 参照: UniProt: P0ADZ7
#3: 化合物	ChemComp-AIC / (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / AMPICILLIN / D(-)-ALPHA-AMINOBENZYLPENICILLIN / 6-[D(-)-ALPHA-AMINOPHENYLLACETAMIDO]PENICILLANIC ACID / アンピシリン分子量: 349.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉N₃O₄S / コメント: 抗生剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14-28% PEG1000 or PEG1500, 0.1M Tris, 0.1M LiSO4, 18mM n-Octyl-beta-D-Thioglucopyranoside and 20% 1,2,3-heptanetriol as an additive, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→72.55 Å / Num. all: 23777 / Num. obs: 23532 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 104.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 3.5→3.72 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 3454 / R_sym value: 0.553 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.2	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1IWG

1iwg

解像度: 3.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Polyalanine model of Chain B (YajC) except for five residues that showed positive side chain electron density(above 3.0 sigma level) in the Fobs-Fcalc density map calculated with an all-polyalanine model.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.317	1181	-	Random
R_work	0.279	-	-	-
obs	-	23525	88 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.6 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.65 Å	0.56 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	1.04 Å	0.77 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7980	0	48	0	8028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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