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- PDB-2rda: Human Thymidylate Synthase Stabilized in Active Conformation by R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rda
タイトルHuman Thymidylate Synthase Stabilized in Active Conformation by R163K Mutation: Asymmetry and Reactivity of Cys195
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / methyl transferase / asymmetric / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHATE ION / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Gibson, L.M. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The R163K mutant of human thymidylate synthase is stabilized in an active conformation: structural asymmetry and reactivity of cysteine 195.
著者: Gibson, L.M. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,04113
ポリマ－214,4106
非ポリマー6317
水3,279182
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5653
ポリマ－71,4702
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-26.1 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8166
ポリマ－71,4702
非ポリマー3464
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area5370 Å2
ΔGint-36.3 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
3
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6604
ポリマ－71,4702
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area4920 Å2
ΔGint-29.3 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
4
E: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7385
ポリマ－71,4702
非ポリマー2683
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-35.3 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.794, 123.794, 284.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 35734.926 Da / 分子数: 6 / 変異: R163K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10-20% PEG 4K, 3mM KPi, 20mM BME, 0.1M tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 72672 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.67→2.77 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 15.5 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1HVY

1hvy


解像度: 2.67→107.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.572 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.621 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27947 3559 5 %RANDOM
Rwork0.20856 ---
obs0.21215 67080 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å2-0.83 Å20 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→107.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13619 0 33 182 13834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0380.02214005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.061.96218949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.18651681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.52823.401685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.027152397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.20515109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0210765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2950.26541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3550.29340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7741.58722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.927213533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.23336171
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2584.55416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 248 -
Rwork0.305 4813 -
obs--95.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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