PDB-2rce: DFP modified DegS delta PDZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rce

タイトル

DFP modified DegS delta PDZ

要素

Protease degS

キーワード

HYDROLASE / dfp modified active site serine / Protease / Serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DFP modified DegS delta PDZ
著者: Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rce.cif.gz	364.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rce.ent.gz	297.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qf0 2qf3 2qgr
類似構造データ	3lh3-1 3lh3-2 3lgv-1 1dc1-d 2qf0-2 4l39-1 3q3i-1 5aij-d 2cg2-d 3eh2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease degS

B: Protease degS

C: Protease degS

D: Protease degS

E: Protease degS

F: Protease degS

G: Protease degS

H: Protease degS

I: Protease degS

236 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Protease degS

B: Protease degS

C: Protease degS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Protease degS

E: Protease degS

F: Protease degS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Protease degS

H: Protease degS

I: Protease degS

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78.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.531, 132.745, 231.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	A	A	44 - 62	31 - 49
2	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	B	B	44 - 62	31 - 49
3	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	C	C	44 - 62	31 - 49
4	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	D	D	44 - 62	31 - 49
5	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	E	E	44 - 62	31 - 49
6	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	F	F	44 - 62	31 - 49
7	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	H	H	44 - 62	31 - 49
8	1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	2	I	I	44 - 62	31 - 49
9	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	A	A	78 - 86	65 - 73
10	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	B	B	78 - 86	65 - 73
11	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	C	C	78 - 86	65 - 73
12	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	D	D	78 - 86	65 - 73
13	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	E	E	78 - 86	65 - 73
14	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	F	F	78 - 86	65 - 73
15	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	H	H	78 - 86	65 - 73
16	2	1	THR	THR	ASP	ASP	2	I	I	78 - 86	65 - 73
17	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	A	A	91 - 93	78 - 80
18	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	B	B	91 - 93	78 - 80
19	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	C	C	91 - 93	78 - 80
20	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	D	D	91 - 93	78 - 80
21	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	E	E	91 - 93	78 - 80
22	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	F	F	91 - 93	78 - 80
23	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	H	H	91 - 93	78 - 80
24	3	1	ILE	ILE	THR	THR	2	I	I	91 - 93	78 - 80
25	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	A	A	103 - 132	90 - 119
26	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	B	B	103 - 132	90 - 119
27	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	C	C	103 - 132	90 - 119
28	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	D	D	103 - 132	90 - 119
29	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	E	E	103 - 132	90 - 119
30	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	F	F	103 - 132	90 - 119
31	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	H	H	103 - 132	90 - 119
32	4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	2	I	I	103 - 132	90 - 119
33	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	A	A	138 - 174	125 - 161
34	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	B	B	138 - 174	125 - 161
35	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	C	C	138 - 174	125 - 161
36	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	D	D	138 - 174	125 - 161
37	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	E	E	138 - 174	125 - 161
38	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	F	F	138 - 174	125 - 161
39	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	H	H	138 - 174	125 - 161
40	5	1	LEU	LEU	SER	SER	2	I	I	138 - 174	125 - 161
41	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	A	A	191 - 219	178 - 206
42	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	B	B	191 - 219	178 - 206
43	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	C	C	191 - 219	178 - 206
44	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	D	D	191 - 219	178 - 206
45	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	E	E	191 - 219	178 - 206
46	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	F	F	191 - 219	178 - 206
47	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	H	H	191 - 219	178 - 206
48	6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	I	I	191 - 219	178 - 206
49	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	A	A	229 - 238	216 - 225
50	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	B	B	229 - 238	216 - 225
51	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	C	C	229 - 238	216 - 225
52	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	D	D	229 - 238	216 - 225
53	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	E	E	229 - 238	216 - 225
54	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	F	F	229 - 238	216 - 225
55	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	H	H	229 - 238	216 - 225
56	7	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	I	I	229 - 238	216 - 225
1	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	A	A	87 - 90	74 - 77
2	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	B	B	87 - 90	74 - 77
3	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	C	C	87 - 90	74 - 77
4	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	D	D	87 - 90	74 - 77
5	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	E	E	87 - 90	74 - 77
6	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	F	F	87 - 90	74 - 77
7	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	G	G	87 - 90	74 - 77
8	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	H	H	87 - 90	74 - 77
9	1	2	GLN	GLN	TYR	TYR	5	I	I	87 - 90	74 - 77
10	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	A	A	94 - 102	81 - 89
11	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	B	B	94 - 102	81 - 89
12	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	C	C	94 - 102	81 - 89
13	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	D	D	94 - 102	81 - 89
14	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	E	E	94 - 102	81 - 89
15	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	F	F	94 - 102	81 - 89
16	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	G	G	94 - 102	81 - 89
17	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	H	H	94 - 102	81 - 89
18	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	5	I	I	94 - 102	81 - 89
19	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	A	A	239 - 249	226 - 236
20	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	B	B	239 - 249	226 - 236
21	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	C	C	239 - 249	226 - 236
22	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	D	D	239 - 249	226 - 236
23	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	E	E	239 - 249	226 - 236
24	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	F	F	239 - 249	226 - 236
25	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	G	G	239 - 249	226 - 236
26	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	H	H	239 - 249	226 - 236
27	3	2	GLN	GLN	ILE	ILE	5	I	I	239 - 249	226 - 236
1	1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	5	B	B	175 - 190	162 - 177
2	1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	5	C	C	175 - 190	162 - 177
3	1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	5	F	F	175 - 190	162 - 177
4	1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	5	G	G	175 - 190	162 - 177
5	1	3	ALA	ALA	LEU	LEU	5	H	H	175 - 190	162 - 177

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

Trimers consisting of chains ABC, DEF, and GHI are the biological assembly

#1: タンパク質	Protease degS 分子量: 26256.508 Da / 分子数: 9 / 断片: RESIDUES 27-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: degS, hhoB, htrH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AEE3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 MM NA CACODYLATE PH 6.5, 100 MM NA CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日
放射	モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 90170 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.401 / % possible all: 97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→37.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 10.251 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23635	4127	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19432	-	-	-
obs	0.19633	80387	91.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.883 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13877	0	0	679	14556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	14047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.972	19090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.474	5	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.572	24.869	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.473	15	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.434	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	5957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	9667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.203	2	9334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.414	3	14643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.724	2	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.891	3	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	548	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	548	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	548	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	548	tight positional	0.03	0.05
1	5	E	548	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	548	tight positional	0.03	0.05
1	7	H	548	tight positional	0.02	0.05
1	8	I	548	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	458	medium positional	0.19	0.5
1	2	B	458	medium positional	0.23	0.5
1	3	C	458	medium positional	0.18	0.5
1	4	D	458	medium positional	0.17	0.5
1	5	E	458	medium positional	0.16	0.5
1	6	F	458	medium positional	0.19	0.5
1	7	H	458	medium positional	0.17	0.5
1	8	I	458	medium positional	0.2	0.5
2	1	A	96	medium positional	0.16	0.5
2	2	B	96	medium positional	0.1	0.5
2	3	C	96	medium positional	0.12	0.5
2	4	D	96	medium positional	0.16	0.5
2	5	E	96	medium positional	0.12	0.5
2	6	F	96	medium positional	0.11	0.5
2	7	G	96	medium positional	0.15	0.5
2	8	H	96	medium positional	0.14	0.5
2	9	I	96	medium positional	0.18	0.5
3	1	B	64	medium positional	0.12	0.5
3	2	C	64	medium positional	0.12	0.5
3	3	F	64	medium positional	0.15	0.5
3	4	G	64	medium positional	0.11	0.5
3	5	H	64	medium positional	0.14	0.5
2	1	A	98	loose positional	0.87	5
2	2	B	98	loose positional	0.73	5
2	3	C	98	loose positional	0.91	5
2	4	D	98	loose positional	0.76	5
2	5	E	98	loose positional	0.95	5
2	6	F	98	loose positional	1.01	5
2	7	G	98	loose positional	1.05	5
2	8	H	98	loose positional	0.87	5
2	9	I	98	loose positional	0.93	5
3	1	B	56	loose positional	0.23	5
3	2	C	56	loose positional	0.2	5
3	3	F	56	loose positional	0.22	5
3	4	G	56	loose positional	0.16	5
3	5	H	56	loose positional	0.31	5
1	1	A	548	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	548	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	548	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	548	tight thermal	0.07	0.5
1	5	E	548	tight thermal	0.06	0.5
1	6	F	548	tight thermal	0.07	0.5
1	7	H	548	tight thermal	0.05	0.5
1	8	I	548	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	458	medium thermal	0.71	2
1	2	B	458	medium thermal	0.64	2
1	3	C	458	medium thermal	0.67	2
1	4	D	458	medium thermal	0.76	2
1	5	E	458	medium thermal	0.55	2
1	6	F	458	medium thermal	0.62	2
1	7	H	458	medium thermal	0.5	2
1	8	I	458	medium thermal	0.5	2
2	1	A	96	medium thermal	0.69	2
2	2	B	96	medium thermal	0.47	2
2	3	C	96	medium thermal	0.49	2
2	4	D	96	medium thermal	0.73	2
2	5	E	96	medium thermal	0.36	2
2	6	F	96	medium thermal	0.6	2
2	7	G	96	medium thermal	0.62	2
2	8	H	96	medium thermal	0.42	2
2	9	I	96	medium thermal	0.36	2
3	1	B	64	medium thermal	0.66	2
3	2	C	64	medium thermal	0.83	2
3	3	F	64	medium thermal	0.54	2
3	4	G	64	medium thermal	0.74	2
3	5	H	64	medium thermal	0.62	2
2	1	A	98	loose thermal	3.56	10
2	2	B	98	loose thermal	2.72	10
2	3	C	98	loose thermal	2.29	10
2	4	D	98	loose thermal	4.54	10
2	5	E	98	loose thermal	2.96	10
2	6	F	98	loose thermal	3.08	10
2	7	G	98	loose thermal	2.51	10
2	8	H	98	loose thermal	2.1	10
2	9	I	98	loose thermal	1.98	10
3	1	B	56	loose thermal	2	10
3	2	C	56	loose thermal	2.81	10
3	3	F	56	loose thermal	2.2	10
3	4	G	56	loose thermal	3.01	10
3	5	H	56	loose thermal	2.21	10

LS精密化シェル

解像度: 2.347→2.408 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	260	-
R_work	0.223	4779	-
obs	-	-	74.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2432	0.0809	0.7022	0.7742	-0.116	1.0471	0.0207	-0.0477	-0.014	-0.0318	0.0451	0.022	0.0656	-0.1002	-0.0659	-0.0914	-0.008	0.0135	-0.0777	0.0477	-0.116	-7.828	88.05	8.002
2	1.178	0.0045	0.3863	0.5293	0.1133	1.0505	-0.0883	-0.1626	0.1296	0.0865	0.0308	0.002	-0.0624	-0.1485	0.0575	-0.0307	0.0263	-0.0017	-0.0845	-0.0107	-0.0746	8.233	97.596	33.793
3	0.7744	0.2232	-0.0136	1.0006	0.0874	0.5186	0.004	0.0221	-0.1765	0.0819	0.0096	-0.1466	0.0771	0.0273	-0.0136	-0.0679	0.028	0.0082	-0.0991	0.0071	-0.0332	17.465	70.423	18.107
4	1.7138	0.2261	0.1194	0.807	-0.0314	1.3571	-0.0277	0.3106	0.0722	-0.2876	-0.0301	-0.1605	-0.0457	0.3291	0.0578	0.0432	-0.0349	0.0383	0.1384	0.081	-0.0673	44.189	43.24	45.092
5	58.0322	80.2237	-46.2022	117.3254	-73.9274	52.5298	0.2907	3.2073	-0.5621	3.4607	0.2407	1.694	-1.4163	-1.6707	-0.5314	0.0259	0.0102	-0.0573	0.0027	-0.0016	0.0139	14.407	23.176	59.869
6	0.86	0.0266	-0.1208	0.8366	-0.2571	0.9825	-0.021	0.0269	-0.0207	0.0273	0.0489	0.0495	0.012	0.1079	-0.0279	-0.0546	-0.0178	-0.0083	-0.0633	0.0531	-0.0894	27.166	34.086	71.211
7	2.041	-0.04	0.4673	0.9446	-0.0505	1.6574	-0.0373	0.257	0.1523	0.0423	-0.0346	-0.0249	-0.1314	0.2774	0.0718	-0.0198	-0.0411	0.0334	-0.0042	-0.0264	-0.0617	63.509	31.802	5.995
8	1.4496	0.63	0.1819	0.8478	-0.2771	1.7736	0.1109	-0.138	-0.3846	0.0738	-0.0139	-0.0707	0.3935	0.0728	-0.097	0.1582	0.0179	-0.0135	-0.019	-0.0005	0.1185	53.017	3.82	17.433
9	2.0343	-0.2542	0.6787	0.6791	-0.1439	1.1762	0.1261	-0.2862	-0.1827	0.2676	-0.1178	-0.1582	0.0386	0.3466	-0.0083	0.1506	-0.0133	-0.0458	0.2812	0.0129	0.0254	79.184	19.916	30.342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 252
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	40 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	37 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	37 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	37 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	41 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	37 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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