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- PDB-2rcc: Crystal structure of putative class I ribonucleotide reductase (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rcc
タイトルCrystal structure of putative class I ribonucleotide reductase (NP_241368.1) from Bacillus halodurans at 1.90 A resolution
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / NP_241368.1 / Putative Class I Ribonucleotide Reductase / Ribonucleotide reductase / small chain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA replication / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative class I ribonucleotide reductase (NP_241368.1) from Bacillus halodurans at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND STATIC LIGHT SCATTERING.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,14719
ポリマ－122,5663
非ポリマー1,58116
水6,125340
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,75012
ポリマ－81,7112
非ポリマー1,04010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
手法PISA
2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,79314
ポリマ－81,7112
非ポリマー1,08312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_355-x-2,y,-z1
Buried area4970 Å2
手法PISA
3
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,29438
ポリマ－245,1326
非ポリマー3,16232
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_355-x-2,y,-z1
Buried area14920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.260, 72.780, 111.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND STATIC LIGHT SCATTERING.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit


分子量: 40855.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
生物種: Bacillus halodurans / 株: C-125, DSM 18197, FERM 7344, JCM 9153 / 遺伝子: NP_241368.1, nrdB, BH0502 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q9KFH7, ribonucleoside-diphosphate reductase

-
非ポリマー , 7種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NANODROP, 10.0% Glycerol, 5.0% PEG 3000, 30.0% PEG 400, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97926
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月26日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979261
反射解像度: 1.9→28.502 Å / Num. obs: 90521 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 7.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.970.3891.72143217841197
1.97-2.050.2992.32135317649198.3
2.05-2.140.21932073316951198.3
2.14-2.250.16542104317259198.6
2.25-2.390.12752149817591198.8
2.39-2.580.0976.42240518280198.9
2.58-2.840.078.32160917685198.9
2.84-3.250.05410.72156317636198.8
3.25-4.080.041142091017470198.7
4.08-28.5020.032162135417437196

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0040精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.502 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.078 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. ZINC HAS BEEN MODELED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITES OF MOLECULES B AND C BASED ON A X-RAY FLUORESCENCE SCAN FOR METAL, PRESENCE OF ELECTRON DENSITY AND COORDINATION GEOMETRY. 5. ETHYLENE GLYCOL, GLYCEROL, AND PARTIAL PEG MOLECULES HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 6. THERE IS A LARGE BLOB OF UNIDENTIFIED DENSITY IN THE VICINITY OF AMINO ACIDS A25-A28.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4538 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 90520 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.585 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å2-0.95 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7328 0 80 340 7748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.94710567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.292312592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6355954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80124.84374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.015151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4021523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.31811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1410.35067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.53861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.53452
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.5561
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0630.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1870.377
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.15835257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.57831825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93257533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.53783551
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.089113009
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 310 -
Rwork0.255 6275 -
all-6585 -
obs--98.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4695-0.04860.05481.64560.31770.5170.04450.0328-0.0623-0.0043-0.0648-0.0606-0.0538-0.04450.02030.04930.0253-0.02550.05370.00110.0424-143.3624-55.295931.1436
229.322720.73226.605514.65844.67031.4881.1325-1.5321-1.11080.7873-1.5866-0.4904-0.8034-1.50270.4540.4789-0.0248-0.13970.489-0.09310.31-142.712-54.504246.1934
31.18110.86460.66971.46750.68030.64570.04380.023-0.08090.1333-0.0247-0.15390.0165-0.021-0.01910.09540.0081-0.02770.0650.00470.1254-137.7368-53.176940.769
42.32322.09480.37512.07690.29190.08350.2192-0.36230.36370.2308-0.27060.2767-0.0396-0.15760.05140.0882-0.01570.05390.1172-0.08210.1393-152.8047-50.50243.5788
51.2110.71970.44391.97160.43460.7407-0.0263-0.08950.1999-0.1034-0.150.2856-0.1569-0.16810.17620.07960.0486-0.0390.0402-0.05080.118-150.022-39.969535.306
61.24550.10081.00392.23540.89123.5895-0.00320.13840.1074-0.157-0.0303-0.2539-0.18770.2390.03350.0270.00730.02070.06350.0120.0809-131.6645-67.677819.648
71.0711-0.24160.3691.41190.01830.84720.03380.0278-0.0834-0.0786-0.07450.04160.0253-0.01350.04060.0820.021-0.02290.0436-0.0160.0871-140.9911-76.810725.1538
80.6974-0.25880.15632.256-0.22711.16620.0298-0.0947-0.06020.2056-0.0617-0.19020.07920.07220.03190.0640.0202-0.01750.06360.00520.0834-133.4306-82.222434.6733
91.11-0.15450.54521.3945-0.44353.41820.0520.0999-0.1367-0.1567-0.1187-0.1350.09590.27080.06670.09540.05940.02260.0428-0.02650.1189-129.1769-89.049123.977
102.9793-0.5999-0.5821.3668-2.47096.10710.08190.1173-0.08030.0649-0.1332-0.21360.30290.57310.05140.02360.04950.03660.0878-0.04180.1087-122.9436-89.028526.0261
111.8102-0.25150.02730.11830.23671.0789-0.0678-0.19430.0365-0.01210.0804-0.1026-0.1005-0.0442-0.01260.09390.02070.01370.1373-0.01670.0089-177.9773-63.71496.6712
121.6698-0.27371.08861.07570.59521.2904-0.29230.07940.0218-0.430.2568-0.0075-0.1002-0.04290.03550.1708-0.04270.03510.22440.01330.0902-185.0745-61.15522.8251
136.14791.9743-0.23621.6848-0.83442.0855-0.1720.52830.8251-0.17060.10050.3466-0.1444-0.38370.07150.11970.08220.05980.23230.0490.064-187.1969-51.757712.469
142.47731.0060.9022.21240.73970.40570.02230.066-0.10990.18070.1292-0.01620.1234-0.0301-0.15150.1053-0.04740.03850.2310.02340.0047-186.1047-70.220913.9083
153.56891.10820.68342.12941.10261.97460.094-0.32950.05370.2344-0.0234-0.0128-0.082-0.1034-0.07070.0680.02460.07870.1303-0.0162-0.0346-187.7645-58.248525.0528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 842 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2AA85 - 9586 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3AA96 - 14897 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4AA149 - 193150 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5AA194 - 312195 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6BB37 - 7138 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7BB72 - 21073 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8BB211 - 266212 - 267
9X-RAY DIFFRACTION9BB267 - 297268 - 298
10X-RAY DIFFRACTION10BB298 - 315299 - 316
11X-RAY DIFFRACTION11CC3 - 874 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12CC88 - 14489 - 145
13X-RAY DIFFRACTION13CC145 - 193146 - 194
14X-RAY DIFFRACTION14CC194 - 230195 - 231
15X-RAY DIFFRACTION15CC231 - 312232 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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