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- PDB-4ih3: 2.5 Angstroms X-ray crystal structure of of human 2-amino-3-carbo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ih3 | ||||||
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Title | 2.5 Angstroms X-ray crystal structure of of human 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase in complex with dipicolinic acid | ||||||
![]() | 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / TIM-Barrel / Decarboxylation / Metal-binding | ||||||
Function / homology | ![]() aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding ...aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huo, L. / Liu, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Human alpha-amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase (ACMSD): A structural and mechanistic unveiling. Authors: Huo, L. / Liu, F. / Iwaki, H. / Li, T. / Hasegawa, Y. / Liu, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 568.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 81.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 107.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ignC ![]() 4ofcC ![]() 2wm1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37550.629 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8TDX5, aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-PDC / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.493→45 Å / Num. all: 73312 / Num. obs: 55277 / % possible obs: 75.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2WM1 Resolution: 2.493→35.209 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.757 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.772 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 33.2594 Å2 / Biso min: 11.29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.493→35.209 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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