PDB-2rcb: Crystal structure of the NR3B ligand binding core complex with D-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rcb

タイトル

Crystal structure of the NR3B ligand binding core complex with D-serine at 1.62 Angstrom resolution

要素

Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Magnesium / Postsynaptic cell membrane / Receptor / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate receptor activity / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / protein insertion into membrane / regulation of calcium ion transport / cellular response to glycine / monoatomic cation channel activity / presynaptic active zone membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Yao, Y. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
著者: Yao, Y. / Harrison, C.B. / Freddolino, P.L. / Schulten, K. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

RESIDUES 151 AND 152 GLY AND THR, ARE INSERTED AS A LINK REPLACING RESIDUES 561-675 OF THE PROTEIN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2rcb.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2rcb_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rcb_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	2rcb_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	2rcb_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rc7C 2rc8C 2rc9C 2rcaC 1pb7S 1pb8 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6z31-d 5ap1-d 2rc7-1 4kcd-1 1yh3-1 6hvf-2 6sbt-d 2rc9-2 7cqe-1 7ab2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B

B: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.779, 83.521, 144.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is believed to be a dimer of dimers. In the present structure packing is not biologically relevant

#1: タンパク質	Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B / N-methyl-D-aspartate receptor subtype 3B / NR3B / NMDAR3B 分子量: 32180.646 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 413-560, 676-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: Peptides corresponding to A413-R560 and E676-K815 were coupled by a GT dipeptid e synthetic linker 遺伝子: Grin3b / プラスミド: pET22b(+) modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMIB (DE3) / 参照: UniProt: Q8VHN2
#2: 化合物	ChemComp-DSN / D-SERINE / D-セリンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M NaCitrate, 17% PEG 4000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→40 Å / Num. all: 71657 / Num. obs: 71657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0038	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Pdb entry 1PB7

1pb7

解像度: 1.62→36.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.529 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22754	5525	7.8 %	RANDOM
R_work	0.19178	-	-	-
all	0.19455	65305	-	-
obs	0.19455	65305	98.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.08 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→36.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4390	0	20	475	4885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.965	6273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.907	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.148	22.574	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.714	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.604	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.3	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.5	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.322	0.3	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.404	2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.988	3	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	2	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.473	3	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	400	-
R_work	0.196	4683	-
obs	-	-	97.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9487	0.5998	-0.0422	1.0432	-0.2791	2.086	0.0687	0.2769	0.1934	-0.0535	0.0571	0.2271	-0.2563	-0.2692	-0.1259	0.0079	0.0329	0.022	0.0897	0.0256	0.0766	41.1016	26.0392	11.4856
2	1.1327	0.0106	-0.0651	0.7172	-0.3427	1.4135	0.1273	-0.0489	0.046	0.0808	-0.1029	-0.0575	-0.1456	0.1796	-0.0244	0.0369	-0.0528	0.028	0.074	-0.0129	0.0652	56.9795	22.7024	21.8742
3	0.9461	-0.1624	-0.1647	2.0877	-0.5937	1.3379	0.1219	-0.1208	-0.0191	0.0825	-0.0821	-0.0149	-0.0646	0.1568	-0.0398	0.0294	-0.0568	0.0076	0.0946	0.003	0.0579	56.834	17.5827	26.1783
4	0.9392	-1.0871	-0.5608	5.8138	2.4927	2.3027	-0.0289	-0.2479	0.1421	0.0992	0.094	-0.2415	-0.1737	-0.0639	-0.065	0.0647	-0.001	0.0744	0.0399	-0.0483	0.0422	44.4627	32.1334	33.9531
5	1.1086	-0.3585	0.1671	2.0481	0.2998	1.4761	-0.072	-0.1232	-0.0309	0.3363	0.0318	-0.3541	0.116	0.2746	0.0402	0.09	0.0696	-0.0351	0.0415	0.0476	0.0368	62.4872	-14.7268	22.0383
6	1.0056	-0.6134	-0.0101	1.8786	-0.5396	0.8289	0.0082	-0.0146	-0.0583	-0.2783	-0.0059	0.0717	0.1784	-0.0122	-0.0023	0.096	0.0073	-0.0203	0.0357	0.0032	0.0378	48.7869	-8.227	6.0049
7	0.9003	-0.6231	-0.0615	3.2941	0.9589	0.8716	0.1317	0.0622	0.0503	-0.3957	-0.1176	-0.0814	0.1013	-0.0474	-0.0141	0.1143	0.0334	-0.0043	0.0138	0.0137	0.0301	48.9753	2.0569	5.6374
8	1.3139	-0.9339	0.1035	2.4226	-0.4129	0.8097	-0.1155	-0.2075	-0.2243	-0.0096	0.1061	0.3581	0.1782	-0.0848	0.0094	0.061	-0.0021	0.0131	0.0405	0.0252	0.0573	45.9466	-16.0793	14.1737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 57	4 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	58 - 192	58 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	193 - 266	193 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	267 - 285	267 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 102	4 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	103 - 170	103 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	171 - 216	171 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	217 - 285	217 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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