PDB-2rc9: Crystal structure of the NR3A ligand binding core complex with AC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rc9

タイトル

Crystal structure of the NR3A ligand binding core complex with ACPC at 1.96 Angstrom resolution

要素

Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cell junction / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Magnesium / Postsynaptic cell membrane / Receptor / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

serine binding / negative regulation of dendritic spine development / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / glutamate receptor activity / NMDA glutamate receptor activity / neurotransmitter receptor complex / NMDA selective glutamate receptor complex / glycine binding / monoatomic cation transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Yao, Y. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
著者: Yao, Y. / Harrison, C.B. / Freddolino, P.L. / Schulten, K. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

RESIDUES 153 AND 154, GLY AND THR, ARE INSERTED AS A LINK REPLACING RESIDUES 661-775 OF THE PROTEIN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rc9.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rc9.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rc7SC 2rc8C 2rcaC 2rcbC 1y20 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rca-2 6bru-2 2rcb-2 4l9c-d 5czf-d 6btw-4 4kcd-2 4k4b-1 2rc7-2 4dpx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A

B: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.675, 103.552, 59.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is believed to be a dimer of dimers. Molecular packing in the present structure is not biologically relevant.

#1: タンパク質	Glutamate [NMDA] receptor subunit 3A / N-methyl-D-aspartate receptor subtype 3A / NR3A / NMDAR-L / NMDAR-L1 / N-methyl-D-aspartate receptor / Chi-1 分子量: 32936.301 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 511-660, 776-915 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: Peptides corresponding to N511-R660 and E776-K915 were coupled by a GT dipeptid e synthetic linker 遺伝子: Grin3a / プラスミド: pET22b(+) modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMIB (DE3) / 参照: UniProt: Q9R1M7
#2: 化合物	ChemComp-1AC / 1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / 1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸タイプ: peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 0.2 M Mg Acetate, 0.1 M NaCitrate, 14% PEG 3350, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→40 Å / Num. all: 43239 / Num. obs: 43239 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.362 / R_sym value: 0.0259 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0038	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Pdb entry 2RC7

2rc7

解像度: 1.96→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 6.756 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21114	2106	5 %	RANDOM
R_work	0.15646	-	-	-
all	0.15921	40128	-	-
obs	0.15921	40128	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4524	0	14	513	5051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.96	6559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.089	5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.757	24.118	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.966	15	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.032	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.28	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.861	1.5	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.383	2	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.241	3	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.513	4.5	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	133	-
R_work	0.205	2893	-
obs	-	-	95.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4265	-0.4127	-0.2607	1.9257	0.0256	0.537	-0.003	0.3913	0.1167	-0.2736	0.0115	0.3369	-0.0124	-0.1384	-0.0085	-0.0002	-0.0043	-0.0511	0.0485	0.0242	-0.0075	-1.563	-3.249	-6.637
2	1.9252	0.244	0.1666	0.7906	-0.1526	0.6267	0.0067	-0.0085	0.2146	0.0719	-0.0078	0.0142	-0.0934	-0.0117	0.0011	0.0516	0.0092	0.0052	-0.0048	-0.0135	0.033	12.389	2.994	8.92
3	1.4051	0.0534	-0.2726	2.117	-1.2874	3.7147	0.0223	0.0041	0.2602	0.158	-0.0522	0.0416	-0.2199	-0.1873	0.03	0.0218	0.0051	-0.0142	-0.0443	-0.0055	0.0826	19.115	12.887	7.882
4	1.1952	0.1467	0.3836	0.8712	0.2652	0.7555	0.0013	0.1504	-0.0055	-0.0728	0.0043	-0.0862	-0.0108	0.0937	-0.0056	0.0441	0.0099	0.0045	0.0566	-0.0002	0.0297	16.756	-8.243	2.03
5	2.0856	0.434	0.0467	0.9151	0.8111	1.991	0.0175	-0.2582	-0.4502	0.2074	0.0801	-0.2031	0.363	0.3418	-0.0977	0.0093	0.0539	-0.0421	-0.0212	0.0518	0.0458	38.373	-28.041	24.027
6	1.6037	-0.1386	-0.2435	0.4388	0.2194	0.961	-0.0139	-0.1249	-0.0375	0.033	0.0013	-0.034	-0.0444	0.0266	0.0127	0.0483	-0.011	-0.0131	0.0316	0.0068	0.0108	27.208	-12.847	24.025
7	1.4425	-0.1994	-0.6253	0.7779	-0.1157	2.5055	0.0418	-0.1402	0.0943	0.1209	-0.0171	0.0107	-0.1159	0.0706	-0.0246	0.0462	-0.0163	-0.0074	0.0861	-0.0347	-0.0253	17.051	-9.111	37.26
8	0.9978	-0.2986	-0.3394	0.9237	0.4434	0.9535	-0.0318	0.0227	-0.1699	0.0699	-0.0431	0.0787	0.0807	-0.1087	0.075	0.0383	-0.0136	-0.0139	0.0374	0.0064	0.0489	20.558	-19.72	17.993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 82	4 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	83 - 181	83 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	182 - 223	182 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	224 - 290	224 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 82	4 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	83 - 162	83 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	163 - 221	163 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	222 - 287	222 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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