PDB-2rb4: Crystal structure of the Helicase domain of human DDX25 RNA helicase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rb4

タイトル

Crystal structure of the Helicase domain of human DDX25 RNA helicase

要素

ATP-dependent RNA helicase DDX25

キーワード

HYDROLASE / RNA helicase / Rossmann fold / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative initiation / ATP-binding / Developmental protein / Differentiation / mRNA transport / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation / RNA-binding / Spermatogenesis / Translation regulation / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatoid body / poly(A)+ mRNA export from nucleus / spermatid development / mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lehtio, L. / Hogbom, M. / Uppenberg, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Edwards, A.M. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Comparative Structural Analysis of Human DEAD-Box RNA Helicases.
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / van den Berg, S. / Collins, R. / Lehtio, L. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Tempel, W. / Park, H.W. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.

履歴

登録	2007年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2007年10月2日	ID: 2G2J
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rb4.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rb4.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g9nC 2p6nC 2pl3C 3b7gC 3berC 3borC 3dkpC 3fe2C 3iuyC 3ly5C 1fukS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2in2-d 1z2a-d 2esl-4 4n7d-d 5xoz-1 1wl8-d 1lhw-d 2esu-d 1o81-1 3cys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase DDX25

B: ATP-dependent RNA helicase DDX25

ヘテロ分子

40.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent RNA helicase DDX25

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent RNA helicase DDX25

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.310, 70.310, 187.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B
13	1	A
14	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	307 - 311	3 - 7
2	1	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	307 - 311	3 - 7
3	2	ARG	ARG	THR	THR	A	A	313 - 337	9 - 33
4	2	ARG	ARG	THR	THR	B	B	313 - 337	9 - 33
5	3	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	339 - 397	35 - 93
6	3	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	339 - 397	35 - 93
7	4	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	399 - 417	95 - 113
8	4	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	399 - 417	95 - 113
9	5	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	420 - 422	116 - 118
10	5	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	420 - 422	116 - 118
11	6	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	423 - 429	119 - 125
12	6	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	423 - 429	119 - 125
13	7	ARG	ARG	SO4	SO4	A	A - E	431 - 480	127
14	7	ARG	ARG	HOH	HOH	B	B - I	431 - 480	127

詳細

Each monomer represents biological unit

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase DDX25 / DEAD box protein 25 / Gonadotropin-regulated testicular RNA helicase 分子量: 20166.141 Da / 分子数: 2 / 断片: Helicase domain: Residues 307-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX25, GRTH / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UHL0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 2.5 M Ammonium sulfate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 12185 / Num. obs: 12185 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 64.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.65
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique all: 1184 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1FUK

1fuk

解像度: 2.8→19.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 41.767 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.361 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26655	974	8 %	RANDOM
R_work	0.23338	-	-	-
all	0.23607	11208	-	-
obs	0.23607	11208	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.026 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2623	0	13	5	2641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.958	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.446	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.818	24.545	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.195	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.595	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.275	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.389	1.5	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.721	2	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.926	3	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.573	4.5	975
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1275 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.04	0.05
tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	69	-
R_work	0.363	790	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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