+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2raz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 4-(methylthio)nitrobenzene in complex with T4 lysozyme L99A | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / protein cavities | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Graves, A.P. / Boyce, S.E. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing. 著者: Graves, A.P. / Shivakumar, D.M. / Boyce, S.E. / Jacobson, M.P. / Case, D.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rayC ![]() 2rb0C ![]() 2rb1C ![]() 2rb2C ![]() 2rbnC ![]() 2rboC ![]() 2rbpC ![]() 2rbqC ![]() 2rbrC ![]() 2rbsC ![]() 2rbtC ![]() 2rbuC ![]() 2rbvC ![]() 2rbwC ![]() 2rbxC ![]() 2rbyC ![]() 2rbzC ![]() 2rc0C ![]() 2rc1C ![]() 2rc2C ![]() 184lS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18359.023 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: M13 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-259 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 2.2M sodium-potassium phosphate, 0.05M beta-mercaptoethanol, 0.05M 2-hydroxyethyldisulfide, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→52.27 Å / Num. all: 25643 / Num. obs: 25592 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Num. unique all: 2520 / Χ2: 1.004 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 184L 解像度: 1.641→52.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.632 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.366 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.641→52.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.641→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
|