PDB-2ra1: Crystal structure of the N-terminal part of the bacterial S-layer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ra1

タイトル

Crystal structure of the N-terminal part of the bacterial S-layer protein SbsC

要素

Surface layer protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / triple coiled-coil / s-layer protein / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.406 Å

データ登録者

Pavkov, T. / Egelseer, E.M. / Tesarz, M. / Sleytr, U.B. / Keller, W.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The structure and binding behavior of the bacterial cell surface layer protein SbsC.
著者: Pavkov, T. / Egelseer, E.M. / Tesarz, M. / Svergun, D.I. / Sleytr, U.B. / Keller, W.

履歴

登録	2007年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ra1.cif.gz	175.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ra1.ent.gz	139.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ra1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ra1_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ra1_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	2ra1_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	2ra1_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/2ra1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/2ra1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1212 1wmz-3 6x07-d 2171 4efr-d 4qdq-2 5c3l-d 1tzg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface layer protein

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.645, 94.877, 59.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Surface layer protein 分子量: 45051.746 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domains / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: sbsC / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O68840
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch method / pH: 6.5 詳細: 6-14% PEG3350, various salts - NaCl, LiCl etc., pH 6.5, batch method, temperature 298K Temp details: 5.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→99 Å / Num. obs: 20541 / % possible obs: 99.7 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 22.1

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	0.196	1005	1.375	97.7
2.44-2.49	0.155	1053	0.708	100
2.49-2.53	0.138	989	0.672	100
2.53-2.59	0.126	1028	0.623	100
2.59-2.64	0.136	1016	0.906	100
2.64-2.7	0.268	1044	2.022	100
2.7-2.77	0.091	1001	0.555	100
2.77-2.85	0.088	1034	0.526	99.9
2.85-2.93	0.073	1037	0.485	100
2.93-3.02	0.066	1014	0.438	100
3.02-3.13	0.06	1047	0.41	100
3.13-3.26	0.054	1015	0.412	100
3.26-3.41	0.051	1015	0.469	100
3.41-3.59	0.063	1042	0.924	100
3.59-3.81	0.061	1048	1.015	100
3.81-4.1	0.068	1024	1.086	100
4.1-4.52	0.071	1020	1.126	100
4.52-5.17	0.058	1028	0.657	100
5.17-6.51	0.052	1058	0.72	100
6.51-99	0.053	1023	1.063	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	15.02 Å
Translation	2.8 Å	15.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: N-terminal domains form the structure of rSbsC(31-844)

解像度: 2.406→20.009 Å / FOM work R set: 0.811 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	1036	5.16 %
R_work	0.177	-	-
obs	-	20089	97.62 %

溶媒の処理

B_sol: 42.844 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.03 Å² / B_iso mean: 40.03 Å² / B_iso min: 9.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.18 Å²	-0 Å²	-3.295 Å²
2-	-	-7.269 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.406→20.009 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3173	0	0	252	3425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.218	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.106	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.406-2.428	0.2	423	X-RAY DIFFRACTION	38	80
2.428-2.45	0.216	490	X-RAY DIFFRACTION	38	89
2.45-2.473	0.219	463	X-RAY DIFFRACTION	38	88
2.473-2.497	0.209	519	X-RAY DIFFRACTION	38	90
2.497-2.522	0.212	465	X-RAY DIFFRACTION	38	92
2.522-2.548	0.194	491	X-RAY DIFFRACTION	38	90
2.548-2.575	0.198	487	X-RAY DIFFRACTION	38	91
2.575-2.603	0.211	489	X-RAY DIFFRACTION	38	91
2.603-2.632	0.207	503	X-RAY DIFFRACTION	38	90
2.632-2.663	0.188	454	X-RAY DIFFRACTION	38	89
2.663-2.696	0.201	504	X-RAY DIFFRACTION	38	91
2.696-2.73	0.225	500	X-RAY DIFFRACTION	38	92
2.73-2.766	0.208	502	X-RAY DIFFRACTION	38	92
2.766-2.803	0.212	508	X-RAY DIFFRACTION	38	95
2.803-2.843	0.205	488	X-RAY DIFFRACTION	38	92
2.843-2.886	0.209	518	X-RAY DIFFRACTION	38	94
2.886-2.931	0.206	505	X-RAY DIFFRACTION	38	95
2.931-2.979	0.21	504	X-RAY DIFFRACTION	38	92
2.979-3.03	0.193	484	X-RAY DIFFRACTION	38	92
3.03-3.085	0.211	502	X-RAY DIFFRACTION	38	95
3.085-3.144	0.189	530	X-RAY DIFFRACTION	38	93
3.144-3.208	0.194	474	X-RAY DIFFRACTION	38	92
3.208-3.277	0.187	525	X-RAY DIFFRACTION	38	95
3.277-3.353	0.181	507	X-RAY DIFFRACTION	38	96
3.353-3.437	0.185	495	X-RAY DIFFRACTION	38	92
3.437-3.529	0.17	519	X-RAY DIFFRACTION	38	94
3.529-3.632	0.164	518	X-RAY DIFFRACTION	38	96
3.632-3.749	0.159	512	X-RAY DIFFRACTION	38	96
3.749-3.882	0.156	510	X-RAY DIFFRACTION	38	93
3.882-4.036	0.154	509	X-RAY DIFFRACTION	38	94
4.036-4.218	0.147	501	X-RAY DIFFRACTION	38	93
4.218-4.438	0.133	536	X-RAY DIFFRACTION	38	96
4.438-4.713	0.125	498	X-RAY DIFFRACTION	38	94
4.713-5.071	0.139	525	X-RAY DIFFRACTION	38	94
5.071-5.571	0.155	518	X-RAY DIFFRACTION	38	95
5.571-6.355	0.171	514	X-RAY DIFFRACTION	38	95
6.355-7.923	0.145	523	X-RAY DIFFRACTION	38	95
7.923-20.01	0.13	540	X-RAY DIFFRACTION	38	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7421	-0.6851	0.0777	1.36	-0.2552	0.017	-0.0714	-0.0729	0.0256	0.0379	0.053	-0.2295	-0.0545	-0.0096	0	0.1174	-0.0099	0.0001	0.1379	0.0338	0.1803	76.6721	-58.177	51.26
2	0.513	-0.0905	-0.3034	0.3012	-0.2023	0.3903	0.4597	0.4451	0.4934	-0.1508	-0.1835	-0.2032	-0.3534	-0.2567	0.0135	0.2682	0.1574	0.0283	0.2374	0.1257	0.2671	50.9429	-28.2821	35.4641
3	0.4112	-0.238	-0.6318	0.6829	-0.4632	1.1264	0.1574	-0.3374	0.1748	0.1635	-0.114	-0.1609	0.5956	0.2747	0.0002	0.3766	0.0569	-0.0479	0.2796	0.0104	0.1164	22.94	-8.7881	26.7294
4	1.2241	0.1503	-0.8442	0.1427	0.0816	0.8874	-0.2067	0.3101	-0.0094	-0.0462	0.097	-0.1046	0.1385	0.0009	0.0001	0.1276	-0.0325	0.0084	0.1808	-0.0407	0.1511	17.8716	3.9456	58.7025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 32-198	A	32 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 199-259	A	199 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 262-357	A	262 - 357
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 360-443	A	360 - 443

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