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- PDB-2r97: Crystal structure of E. coli WrbA in complex with FMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r97
タイトルCrystal structure of E. coli WrbA in complex with FMN
要素Flavoprotein WrbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / quinone oxidoreductase / flavoprotein / flavodoxin-like fold / FMN-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / protein-containing complex ...NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuta Smatanova, I. / Wolfova, J. / Brynda, J. / Mesters, J.R. / Grandori, R. / Carey, J.
引用
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: WrbA bridges bacterial flavodoxins and eukaryotic NAD(P)H:quinone oxidoreductases
著者: Carey, J. / Brynda, J. / Wolfova, J. / Grandori, R. / Gustavsson, T. / Ettrich, R. / Kuta Smatanova, I.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and preliminary diffraction analysis of Escherichia coli WrbA in complex with its cofactor flavin mononucleotide
著者: Wolfova, J. / Mesters, J.R. / Brynda, J. / Grandori, R. / Natalello, A. / Carey, J. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavoprotein WrbA
C: Flavoprotein WrbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6384
ポリマ－41,7252
非ポリマー9132
水2,846158
1
A: Flavoprotein WrbA
C: Flavoprotein WrbA
ヘテロ分子

A: Flavoprotein WrbA
C: Flavoprotein WrbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2758
ポリマ－83,4504
非ポリマー1,8254
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-76.8 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.13, 61.13, 168.38
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATYRTYRAA1 - 1422 - 143
21ALAALATYRTYRCB1 - 1422 - 143
12GLYGLYGLYGLYAA155 - 197156 - 198
22GLYGLYGLYGLYCB155 - 197156 - 198
13FMNFMNHOHHOHAC - E198 - 279
23FMNFMNHOHHOHCD - F198 - 275

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Flavoprotein WrbA / E.C.1.6.5.2 / Trp repressor-binding protein A


分子量: 20862.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12/JM101 / 解説: genomic sequence cloned in pET3a / 遺伝子: wrbA / プラスミド: pKGWa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CY15071(lambda-DE3) / 参照: UniProt: P0A8G6, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.75 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→35 Å / Num. all: 22872 / Num. obs: 20763 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6.9 % / Limit h max: 30 / Limit h min: 0 / Limit k max: 21 / Limit k min: 0 / Limit l max: 84 / Limit l min: 0 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 16.94
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique all: 1257 / Χ2: 1.022 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2R96

2r96


解像度: 2→34.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.879 / SU ML: 0.139 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1034 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.197 22461 --
obs0.197 20367 90.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.755 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2873 0 62 158 3093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.9844079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.066310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1015385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62824.196112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.29815458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3621513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1870.29
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8441.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.11.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34323039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9431271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9014.51040
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11030MEDIUM POSITIONAL0.380.5
11030MEDIUM THERMAL0.822
2301MEDIUM POSITIONAL0.640.5
2301MEDIUM THERMAL1.272
331MEDIUM POSITIONAL0.10.5
331MEDIUM THERMAL0.922
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 70 -
Rwork0.226 1321 -
all-1391 -
obs-1321 85.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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