PDB-2r8s: High resolution structure of a specific synthetic FAB bound to P4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r8s

タイトル

High resolution structure of a specific synthetic FAB bound to P4-P6 RNA ribozyme domain

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM/RNA / protein-RNA complex / Fab-RNA complex / IMMUNE SYSTEM-RNA COMPLEX

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ye, J.D. / Tereshko, V. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Piccirilli, J.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Synthetic antibodies for specific recognition and crystallization of structured RNA
著者: Ye, J.D. / Tereshko, V. / Frederiksen, J.K. / Koide, A. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Piccirilli, J.A.

履歴

登録	2007年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r8s.cif.gz	199 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r8s.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r8s_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r8s_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	2r8s_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	2r8s_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hr2S 1tziS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qki-1 3ol2-d 6w89-1 23343 2a74-1 4jlr-d 6hzz-d 6w8b-1 6w8j-d 6u8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (2) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (2)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (2)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (2)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

R: P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

98.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.085, 53.230, 160.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

This entry contain one asymmetric unit composed of Fab light and heavy chains L and H and RNA chain R.

#1: RNA鎖	P4-P6 RNA RIBOZYME DOMAIN 分子量: 51420.559 Da / 分子数: 1 / 変異: Delta C209 / 由来タイプ: 合成詳細: sequence occurs naturally in Tetrahymena thermophila; synthesized by in vitro transcription 参照: GenBank: 10840
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 23273.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: FAB SELECTION WAS DONE USING A REDUCED CODON FAB LIBRARY DISPLAYED ON THE M13 PHAGE 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23663.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: FAB SELECTION WAS DONE USING A REDUCED CODON FAB LIBRARY DISPLAYED ON THE M13 PHAGE 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.16 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 34% MPD, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 25 mM magnesium chloride, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	sodium citrate	1	1
3	ammonium acetate	1	1
4	MgCl2	1	1
5	MPD	1	2
6	sodium citrate	1	2
7	ammonium acetate	1	2
8	MgCl2	1	2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	APS	19-BM	1
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2
シンクロトロン	APS	22-ID	3

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
SBC-2	1	CCD	2006年5月29日	mirrors
MAR scanner 345 mm plate	2	IMAGE PLATE	2006年6月5日	mirrors
MAR scanner 345 mm plate	3	IMAGE PLATE	2006年6月15日	mirrors

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 77127 / Num. obs: 77127 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.7

反射シェル

解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TZI 1HR2

1tzi

1hr2

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.147 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22607	3875	5 %	RANDOM
R_work	0.19476	-	-	-
all	0.19632	77127	-	-
obs	0.19632	77127	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.23 Å²	0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3263	3404	4	529	7200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	2.517	10516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.022	2.48	8877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.445	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.954	24.016	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.124	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.991	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.162	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.212	0.2	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.038	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.183	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.271	1.5	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.326	1.5	873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.092	2	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.349	3	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.183	4.5	7034

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	261	-
R_work	0.253	5207	-
obs	-	-	96.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3487	-0.044	-0.1734	0.1881	0.0985	0.5512	-0.0758	0.1597	0.0044	-0.0714	0.0529	0.0345	0.1054	0.0236	0.0229	0.0197	0.026	0.0057	0.0176	0.0039	-0.0486	73.6258	-30.9957	20.2968
2	0.8963	-0.4232	-0.2112	0.8209	0.2521	0.3082	0.056	0.0467	0.0469	-0.0504	-0.0983	0.0109	-0.03	-0.1065	0.0423	-0.0321	0.068	-0.0331	-0.0397	-0.0041	-0.0567	37.4817	1.891	46.7597
3	0.9529	-0.2678	-0.4182	0.5593	0.2167	0.6722	0.0628	-0.0518	-0.0315	0.009	-0.0877	-0.0508	0.0046	-0.0616	0.0249	-0.0112	0.0194	-0.0112	-0.0512	0.0046	-0.0501	51.3201	-1.6548	58.6821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	R	102 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	R	1001 - 1004
3	X-RAY DIFFRACTION	2	L	1 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	2	L	1001 - 1131
5	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1001 - 1141

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