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万見
- PDB-2r74: Crystal Structure of the Possum Milk Whey Lipocalin Trichosurin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r74
タイトルCrystal Structure of the Possum Milk Whey Lipocalin Trichosurin at pH 4.6
要素Trichosurin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / beta barrel / milk whey lipocalin / dimer / Glycoprotein / Milk protein / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Trichosurin
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosurus vulpecula (フクロギツネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Watson, R.P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: Three-dimensional structure and ligand binding properties of trichosurin, a metatherian lipocalin from the milk whey of the common brushtail possum Trichosurus vulpecula
著者: Watson, R.P. / Demmer, J. / Baker, E.N. / Arcus, V.L.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trichosurin
B: Trichosurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,96813
ポリマ－39,4202
非ポリマー54811
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.850, 44.580, 70.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trichosurin


分子量: 19709.904 Da / 分子数: 2 / 変異: G102E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichosurus vulpecula (フクロギツネ)
プラスミド: pET23 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29147
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% 2-propanol, 200mM CaCl2, 100mM NaOAc, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Nickel coated mirrors. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 26645 / Num. obs: 26645 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 88.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A2U rat major urinary protein alpha2u-globulin

2a2u


解像度: 1.9→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2576 9.2 %random
Rwork0.214 ---
all-28035 --
obs-25910 92.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.061 Å20 Å20.041 Å2
2---0.019 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 7 170 2527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.283
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2932.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5ipa.paripa.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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