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万見
- PDB-2p5q: Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5q
タイトルCrystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the reduced form
要素Glutathione peroxidase 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / response to oxidative stress / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Glutathione peroxidase active site / Glutathione peroxidases active site. / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidase conserved site / Glutathione peroxidase / Glutathione peroxidases signature 2. / Glutathione peroxidase profile. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Glutathione peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Populus trichocarpa x Populus deltoides (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Koh, C.S. / Didierjean, C. / Navrot, N. / Panjikar, S. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Jacquot, J.-P. / Aubry, A. / Shawkataly, O. / Corbier, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
著者: Koh, C.S. / Didierjean, C. / Navrot, N. / Panjikar, S. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Jacquot, J.P. / Aubry, A. / Shawkataly, O. / Corbier, C.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione peroxidase 5
B: Glutathione peroxidase 5
C: Glutathione peroxidase 5
D: Glutathione peroxidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,80144
ポリマ－77,7324
非ポリマー4,07040
水12,016667
1
A: Glutathione peroxidase 5
B: Glutathione peroxidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,84121
ポリマ－38,8662
非ポリマー1,97619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione peroxidase 5
D: Glutathione peroxidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,96023
ポリマ－38,8662
非ポリマー2,09421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.665, 221.665, 48.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Glutathione peroxidase 5


分子量: 19432.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus trichocarpa x Populus deltoides (植物)
遺伝子: PtGPX5 / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pSBET
参照: UniProt: A3FNZ8, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M cadmium sulphate hydrate, 0.1 M HEPES, 1.0 M sodium acetate, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8156 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8156 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 63667 / Num. obs: 63667 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.04 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.26 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.52 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Num. unique all: 6303 / Χ2: 0.371 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 6027 10.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.189 59452 --
obs0.189 59452 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 55.187 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.278 Å2-2.23 Å20 Å2
2---2.278 Å20 Å2
3---4.555 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5187 0 64 668 5919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d22.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.672.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4acetate.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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