PDB-2r6f: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r6f

タイトル

Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrA

要素

Excinuclease ABC subunit A

キーワード

HYDROLASE / UvrA / nucleotide excision repair / DNA repair / ABC ATPase / ATP-binding cassette / DNA damage / DNA excision / DNA-binding / Excision nuclease / Metal-binding / Nucleotide-binding / SOS response

機能・相同性

機能・相同性情報

excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Inuzuka, Y. / Pakotiprapha, D. / Bowman, B.R. / Jeruzalmi, D. / Verdine, G.L.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrA Provides Insight into ATP-Modulated Dimerization, UvrB Interaction, and DNA Binding.
著者: Pakotiprapha, D. / Inuzuka, Y. / Bowman, B.R. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N. / Jeruzalmi, D. / Verdine, G.L.

履歴

登録	2007年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

The sequence of this protein is not available at UNP database at the time of processing. Residues - ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r6f.cif.gz	712.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r6f.ent.gz	590.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7850 2e76-1 10730 4pv1-1 1q90-1 6049 4h13-1 6pwx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (4)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Excinuclease ABC subunit A

B: Excinuclease ABC subunit A

ヘテロ分子

220 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.713, 94.720, 130.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MSE	MSE	ARG	ARG	A	A	1 - 117	21 - 137
2	1	1	MSE	MSE	ARG	ARG	B	B	1 - 117	21 - 137
3	2	1	SER	SER	VAL	VAL	A	A	256 - 286	276 - 306
4	2	1	SER	SER	VAL	VAL	B	B	256 - 286	276 - 306
5	3	1	MSE	MSE	ALA	ALA	A	A	399 - 949	419 - 969
6	3	1	MSE	MSE	ALA	ALA	B	B	399 - 949	419 - 969
1	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	118 - 151	138 - 171
2	1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	118 - 151	138 - 171
3	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	205 - 229	225 - 249
4	2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	205 - 229	225 - 249
5	3	2	LYS	LYS	PHE	PHE	A	A	247 - 255	267 - 275
6	3	2	LYS	LYS	PHE	PHE	B	B	247 - 255	267 - 275
1	1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	287 - 309	307 - 329
2	1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	287 - 309	307 - 329
3	2	3	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	314 - 318	334 - 338
4	2	3	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	314 - 318	334 - 338
5	3	3	ARG	ARG	TYR	TYR	A	A	324 - 398	344 - 418
6	3	3	ARG	ARG	TYR	TYR	B	B	324 - 398	344 - 418

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Excinuclease ABC subunit A 分子量: 108784.602 Da / 分子数: 2 / 断片: UvrA / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 株: 10 / 遺伝子: uvrA / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5KVB6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 13%PEG2000MME, 50 mM Na-HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-C	1	0.97925, 0.97941, 0.96403
シンクロトロン	APS	24-ID-C	2	1.28281

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97925	1
2	0.97941	1
3	0.96403	1
4	1.28281	1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 13.4 / 数: 266945 / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.02 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 38657 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	99.3	1	0.055	1.024	7.1
5.47	6.89	100	1	0.079	1.025	7.1
4.78	5.47	100	1	0.077	1.027	7.3
4.34	4.78	100	1	0.067	1.002	7.3
4.03	4.34	100	1	0.077	1.003	7.3
3.79	4.03	100	1	0.105	1.018	7.4
3.6	3.79	100	1	0.134	1.018	7.3
3.45	3.6	99.9	1	0.186	1.022	7.1
3.31	3.45	98.2	1	0.261	1.031	6
3.2	3.31	85.9	1	0.305	1.019	4.9

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 38657 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.305 / Num. unique all: 3362 / Χ²: 1.019 / % possible all: 85.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 59.032 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.617
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The data were collected from 2 crystals. One crystal was used for Se MAD, and the other one for Zn SAD. The Se MAD data was used for ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.292	3880	10 %	RANDOM
R_work	0.253	-	-	-
obs	0.257	34862	98.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.793 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.56 Å²	0 Å²	2.36 Å²
2-	-	3.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13868	0	114	4	13986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	14228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.993	19261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.87	3	23962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.24	5	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.383	23.598	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.071	15	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.925	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	10655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	7069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.18	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.329	1.5	11191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.031	1.5	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.364	2	14212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.422	3	6036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.699	4.5	5049

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	4095	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
1	1	5116	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
1	1	4095	MEDIUM THERMAL	0.75	2
1	1	5116	LOOSE THERMAL	0.8	10
2	3	401	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	3	508	LOOSE POSITIONAL	0.3	5
2	3	401	MEDIUM THERMAL	0.13	2
2	3	508	LOOSE THERMAL	0.14	10
3	5	603	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
3	5	893	LOOSE POSITIONAL	0.3	5
3	5	603	MEDIUM THERMAL	0.13	2
3	5	893	LOOSE THERMAL	0.11	10

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.284 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	256	-
R_work	0.338	2172	-
all	-	2428	-
obs	-	-	83.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5211	0.1624	0.0578	2.0941	-0.1611	1.1308	0.1344	0.0424	0.0415	0.1447	-0.1369	-0.0461	-0.0346	0.0897	0.0025	-0.1945	-0.0434	0.0144	-0.2036	-0.1061	-0.3628	47.6592	15.069	24.2715
2	2.5418	0.7188	0.0269	2.8011	0.6631	1.2486	0.222	-0.1165	0.122	0.1334	-0.4007	0.4936	-0.0463	-0.3965	0.1786	-0.1508	0.0418	-0.0196	0.0188	-0.0813	-0.0581	11.1944	49.2698	23.3983
3	16.9653	-1.7694	2.5102	2.9193	-0.5533	0.4025	0.1302	0.2724	-1.0262	0.0843	-0.0212	0.2549	-0.1977	-0.0598	-0.109	0.062	0.0641	-0.027	0.3452	-0.0093	0.4236	-11.6142	-2.4702	32.2518
4	11.824	-2.3753	-0.2107	0.4772	0.0423	0.0038	-0.124	0.3393	-0.8198	-0.7355	0.2515	-0.3148	0.0477	0.6711	-0.1275	0.5116	-0.0814	0.2591	0.5319	-0.1996	1.3057	72.3835	65.9044	29.0911
5	7.3027	0.9021	1.1911	7.4569	-2.1711	10.3377	-0.1463	-0.7026	-1.2386	0.931	-0.0208	-1.0159	0.5023	0.1466	0.1671	0.6494	0.0114	0.0121	0.4156	0.1916	0.3197	45.5916	-6.5832	60.9701
6	6.1914	-3.7778	-2.3961	10.9468	1.849	5.586	-0.3093	0.6481	-0.4834	-0.1711	0.0282	0.52	0.5928	-0.3196	0.2811	0.4426	-0.0356	0.0417	0.4875	0.1324	0.0031	10.7051	68.2578	60.5656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 117	21 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	256 - 286	276 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	399 - 949	419 - 969
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 117	21 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	256 - 286	276 - 306
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	399 - 949	419 - 969
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	118 - 153	138 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	200 - 255	220 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	118 - 151	138 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	205 - 229	225 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	287 - 309	307 - 329
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	314 - 318	334 - 338
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	324 - 398	344 - 418
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	287 - 398	307 - 418

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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