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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r50 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of nonsymbiotic corn hemoglobin 1 | ||||||
![]() | Non-symbiotic hemoglobin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / corn hemoglobin / plant hemoglobin / nonsymbiotic hemoglobin / Heme / Iron / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smagghe, B.J. / Hoy, J.A. / Hargrove, M.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of nonsymbiotic corn hemoglobin 1 著者: Smagghe, B.J. / Hoy, J.A. / Hargrove, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d8uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18304.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Zea mays / 株: subsp. parviglumis / 遺伝子: HB, GLB1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.2M Ammonium Sulfate, 20% PEG MME 1900, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月23日 / 詳細: Osmic |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→80 Å / Num. obs: 35371 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.67 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 5.24 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 2504 / % possible all: 97.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1D8U 解像度: 2.2→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.762 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.837 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→79.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
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