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- PDB-2e1n: Crystal structure of the Cyanobacterium circadian clock modifier Pex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2e1n | ||||||
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Title | Crystal structure of the Cyanobacterium circadian clock modifier Pex | ||||||
![]() | Pex | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arita, K. / Shimizu, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of a Cyanobacterium Circadian Clock-modifier Protein Authors: Arita, K. / Hashimoto, H. / Igari, K. / Akaboshi, M. / Kutsuna, S. / Sato, M. / Shimizu, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 63.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 46.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The structures (Chain A and B) of in the asymmetric unit are biological unit. for a homodimer in the asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 16174.178 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 16-148 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Species: Synechococcus elongatus ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.8 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 0.5-1.0M Li2SO4, 0.1M sodium acetate buffer (pH 3.8~4.6), 50mM magnesium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→32.2 Å / Num. all: 24920 / Num. obs: 24505 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / % possible all: 85.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.343 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→32.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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