[日本語] English
万見
- PDB-2v9a: Structure of Citrate-free Periplasmic Domain of Sensor Histidine ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9a
タイトルStructure of Citrate-free Periplasmic Domain of Sensor Histidine Kinase CitA
要素SENSOR KINASE CITA
キーワードTRANSFERASE / SIGNAL TRANSDUCTION / SENSOR HISTIDINE KINASE / CITA / KINASE / MEMBRANE / SENSOR DOMAIN / TRANSMEMBRANE / INNER MEMBRANE / PHOSPHORYLATION / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase ...Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase CitA
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sevvana, M. / Vijayan, V. / Zweckstetter, M. / Reinelt, S. / Madden, D.R. / Sheldrick, G.M. / Bott, M. / Griesinger, C. / Becker, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A Ligand-Induced Switch in the Periplasmic Domain of Sensor Histidine Kinase Cita.
著者: Sevvana, M. / Vijayan, V. / Zweckstetter, M. / Reinelt, S. / Madden, D.R. / Herbst-Irmer, R. / Sheldrick, G.M. / Bott, M. / Griesinger, C. / Becker, S.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SENSOR KINASE CITA
B: SENSOR KINASE CITA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9992
ポリマ－28,9992
非ポリマー00
水4,125229
1
A: SENSOR KINASE CITA

A: SENSOR KINASE CITA

A: SENSOR KINASE CITA

A: SENSOR KINASE CITA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9984
ポリマ－57,9984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-42.2 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PQS
2
B: SENSOR KINASE CITA

B: SENSOR KINASE CITA

B: SENSOR KINASE CITA

B: SENSOR KINASE CITA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9984
ポリマ－57,9984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-34.5 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.163, 64.163, 144.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 SENSOR KINASE CITA / SENSOR HISTIDINE KINASE CITA PERIPLASMIC DOMAIN


分子量: 14499.438 Da / 分子数: 2 / 断片: PERIPLASMIC LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 45-176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52687, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: MEROHEDRAL TWINNING ALONG 110
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP, VAPOUR DIFFUSION, RESERVOIR: 20MM HEPES,PH 7.5,0.63M NAH2PO4,0.63M KH2PO4, PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML,MIXING RATIO 1:1,TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月8日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 19151 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.49 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J80

2j80


解像度: 2→24.6626 Å
詳細: THE STRUCTURE WAS FIRST REFINED WITH CNS, FOLLOWED BY SHELXL AND FOR BETTER CONVERGENCE WITH PHENIX.REFINE TWIN REFINEMENT PROTOCOL TWIN LAW 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 TWIN FRACTION 0.40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 956 5 %
Rwork0.2124 --
obs-19151 97 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.6626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1496 0 0 229 1725

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る