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- PDB-2r32: Crystal Structure of human GITRL variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r32
タイトルCrystal Structure of human GITRL variant
要素GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / GITRL / Glucocorticoid-Induced TNF Receptor Ligand / Cytokine / Glycoprotein / Membrane / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dendritic cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation ...regulation of dendritic cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation / regulation of protein-containing complex assembly / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion / cytokine activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / adaptive immune response / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Assembly and structural properties of glucocorticoid-induced TNF receptor ligand: Implications for function.
著者: Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Mukhopadhaya, A. / Malashkevich, V.N. / Dilorenzo, T.P. / Brenowitz, M. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence RMKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGER corresponds to the coiled-coil protein ...SEQUENCE The sequence RMKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGER corresponds to the coiled-coil protein structural motif of GCN4-pII, and is fused at the N-terminus of TNF18_HUMAN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0142
ポリマ－18,9181
非ポリマー961
水86548
1
A: GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein
ヘテロ分子

A: GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein
ヘテロ分子

A: GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0416
ポリマ－56,7533
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.219, 61.219, 113.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological unit is a trimer

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要素

#1: タンパク質 GCN4-pII/Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 fusion protein / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand / hGITRL / Activation-inducible TNF-related ligand / AITRL


分子量: 18917.713 Da / 分子数: 1 / 断片: TNF homology domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae, Homo sapiens
属: Saccharomyces, Homo / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: TNFSF18, AITRL, GITRL, TL6 / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9UNG2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium Sulphate, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 11656 / Num. obs: 11656 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.142 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.025.70.49111650.70899.6
2.02-2.160.34611520.807100
2.1-2.260.26411810.909100
2.2-2.3160.19611441.083100
2.31-2.466.10.15511991.186100
2.46-2.656.10.11811661.279100
2.65-2.9160.08411541.283100
2.91-3.3360.06411621.239100
3.33-4.25.80.05911701.386100
4.2-505.60.07411631.5598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 2q1m

2q1m


解像度: 1.95→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 554 4.8 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.201 11656 --
obs0.201 11656 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0.6 Å20 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1125 0 5 48 1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.961558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5315136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43525.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.10315211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.244153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.3454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.5779
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.594
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5372722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.94631130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7362499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2543428
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 47 -
Rwork0.218 813 -
all-860 -
obs--99.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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