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- PDB-2r2v: Sequence Determinants of the Topology of the Lac Repressor Tetram... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r2v
タイトルSequence Determinants of the Topology of the Lac Repressor Tetrameric Coiled Coil
要素GCN4 leucine zipper
キーワードDE NOVO PROTEIN / Coiled coils / anti-parallel tetramer / protein design
機能・相同性ACETATE ION / CITRIC ACID
機能・相同性情報
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, J. / Lu, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Conformational specificity of the lac repressor coiled-coil tetramerization domain.
著者: Liu, J. / Zheng, Q. / Deng, Y. / Li, Q. / Kallenbach, N.R. / Lu, M.
履歴
登録2007年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN4 leucine zipper
B: GCN4 leucine zipper
C: GCN4 leucine zipper
D: GCN4 leucine zipper
E: GCN4 leucine zipper
F: GCN4 leucine zipper
G: GCN4 leucine zipper
H: GCN4 leucine zipper
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,07317
ポリマ－30,9968
非ポリマー1,0769
水1,78399
1
A: GCN4 leucine zipper
B: GCN4 leucine zipper
C: GCN4 leucine zipper
D: GCN4 leucine zipper
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,19011
ポリマ－15,4984
非ポリマー6927
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
手法PISA
2
E: GCN4 leucine zipper
F: GCN4 leucine zipper
G: GCN4 leucine zipper
H: GCN4 leucine zipper
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8826
ポリマ－15,4984
非ポリマー3842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.696, 51.696, 99.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GCN4 leucine zipper


分子量: 3874.553 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9 / プラスミド: pAE4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M sodium citrate, 5% Jeffamine M-600, 0.05M zinc acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→51.7 Å / Num. all: 20545 / Num. obs: 20545 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2048 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NRN

2nrn


解像度: 1.9→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.028 / SU ML: 0.102
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS group assigned for each peptide chain.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24028 1054 5.1 %RANDOM
Rwork0.19108 ---
all0.19347 20545 --
obs0.19347 20545 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2045 0 66 99 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0882.0332814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3095251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66225.77890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25915443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.051511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2830.21455
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.51327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9222023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6993850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6644.5791
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 86 -
Rwork0.214 1399 -
obs-1485 99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0526-1.1622-0.17298.4863-8.309124.9146-0.10370.1652-0.1627-0.09350.14520.534-0.0093-0.95-0.0415-0.2665-0.0192-0.036-0.1998-0.0482-0.1097-27.607-10.019-8.562
24.3466-2.54824.60147.2173-5.374621.27550.13710.0363-0.0176-0.14680.16990.7230.3819-0.9266-0.307-0.22240.0163-0.0007-0.1596-0.0353-0.0435-29.785-1.176-4.229
34.9001-2.57233.35587.6723-3.816210.21580.05680.06810.15930.0241-0.09690.00980.00570.09130.0401-0.2290.008-0.0102-0.257-0.0613-0.1768-20.663-0.303-2.425
42.6957-0.1244-0.58686.855-5.595111.98990.08810.0641-0.00520.0142-0.0564-0.0165-0.22140.1937-0.0317-0.25410.0141-0.0157-0.2281-0.0568-0.1832-19.379-8.33-8.249
518.9477-5.76061.24117.18551.46054.01340.12730.1272-0.80790.1192-0.01330.3140.1322-0.0667-0.114-0.1574-0.0102-0.0283-0.2413-0.032-0.1882-12.71710.40412.505
612.1503-7.41320.452913.08743.04535.0571-0.5611-0.74220.30510.85560.8167-0.51210.41370.2385-0.2556-0.110.0549-0.0657-0.1818-0.1044-0.152-15.3683.16.532
717.1523-12.9908-1.324219.46134.63565.2384-0.2136-0.05450.6575-0.01770.3649-0.9109-0.26360.1728-0.1513-0.1625-0.0481-0.0588-0.2179-0.0238-0.1743-13.7557.605-0.489
816.4944-4.47751.06078.87332.04094.37890.5041.4343-0.6349-0.4676-0.2165-0.2921-0.08580.455-0.2876-0.16950.0057-0.0485-0.0439-0.0787-0.1896-7.56613.7694.917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 342 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 331 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 331 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 342 - 34
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 311 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6FF3 - 343 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 331 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8HH3 - 333 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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