PDB-2r2o: Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r2o

タイトル

Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1

要素

Plexin-B1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Plexin / effector domain / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Glycoprotein / Membrane / Phosphorylation / Receptor / Secreted / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / inhibitory synapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Binding of Rac1, Rnd1, and RhoD to a novel Rho GTPase interaction motif destabilizes dimerization of the plexin-B1 effector domain.
著者: Tong, Y. / Chugha, P. / Hota, P.K. / Alviani, R.S. / Li, M. / Tempel, W. / Shen, L. / Park, H.W. / Buck, M.

履歴

登録	2007年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r2o.cif.gz	55.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r2o.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r2o_validation.pdf.gz	397 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r2o_full_validation.pdf.gz	397 KB	表示
XML形式データ	2r2o_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	2r2o_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qir-2 2f56-4 3ulc-1 1apl-d 3o7x-2 4oiz-2 1w8z-d 4zm8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Plexin-B1

B: Plexin-B1

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.979, 56.571, 99.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP 分子量: 15534.260 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector domain: Residues 1743-1862 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / プラスミド: pET28a-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O43157
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 2.6M Sodium chloride, 18% Ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.97918
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97937

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年6月10日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2007年6月10日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97918	1
2	0.97937	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19206 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.854 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	2.7	0.435	1248	0.599	1,2	62.5
2.07-2.15	4.2	0.361	1740	0.573	1,2	88
2.15-2.25	5.7	0.288	1943	0.635	1,2	97.2
2.25-2.37	6.7	0.219	1994	0.688	1,2	99.7
2.37-2.52	7.2	0.179	1976	0.753	1,2	100
2.52-2.71	7.3	0.124	2034	0.953	1,2	100
2.71-2.99	7.3	0.092	2011	1.379	1,2	100
2.99-3.42	7.3	0.071	2029	2.365	1,2	100
3.42-4.31	7.1	0.058	2064	3.604	1,2	100
4.31-50	6.7	0.05	2167	4.826	1,2	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	refmac_5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.274 / WR_factor R_work: 0.224 / SU B: 7.771 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. TLS parameters were refined. 3. Atomic temperature factors are residuals. 4. Resolve, coot, molprobity programs have also been used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	842	4.4 %	thin shells
R_work	0.222	-	-	-
all	0.224	-	-	-
obs	0.224	19071	95.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1509	0	12	48	1569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.412	1.993	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.685	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.288	24.902	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.63	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.163	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.176	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.082	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.03	1.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.201	1.5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.323	2	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.042	3	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.942	4.5	460

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.051		0	0.331	877	1443	60.776
2.051-2.107	0.304	116	0.289	1046	1408	82.528
2.107-2.167		0	0.257	1270	1374	92.431
2.167-2.233	0.285	123	0.243	1172	1332	97.222
2.233-2.306		0	0.232	1284	1291	99.458
2.306-2.385	0.242	93	0.224	1163	1257	99.92
2.385-2.474		0	0.237	1209	1209	100
2.474-2.573	0.279	100	0.234	1074	1174	100
2.573-2.686		0	0.232	1129	1129	100
2.686-2.814	0.275	82	0.251	992	1074	100
2.814-2.963	0.284	67	0.241	955	1022	100
2.963-3.139		0	0.233	974	974	100
3.139-3.35	0.238	58	0.221	876	934	100
3.35-3.61	0.261	52	0.21	812	864	100
3.61-3.941	0.211	36	0.213	769	805	100
3.941-4.385	0.278	34	0.188	693	728	99.863
4.385-5.024	0.238	22	0.178	649	672	99.851
5.024-6.058	0.355	20	0.236	545	565	100
6.058-8.199	0.321	31	0.253	441	472	100
8.199-20	0.263	8	0.209	299	314	97.771

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5693	-0.5527	-2.2587	1.2946	0.8227	3.2517	0.0679	0.16	-0.0733	0.0146	-0.0505	0.0032	0.079	0.1998	-0.0174	0.0063	0.0757	-0.0395	0.0314	-0.0485	-0.0742	-3.083	-7.1432	27.2181
2	2.8097	-0.1373	1.5249	0.8226	0.0059	1.7933	-0.0133	-0.1457	0.086	0.1033	0.0125	0.091	-0.1449	-0.0948	0.0008	-0.0303	-0.0063	0.0231	-0.0832	0.0145	-0.034	1.0336	-34.1152	52.4617

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1746 - 1852 / Label seq-ID: 22 - 128

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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