PDB-2r2c: Crystal structure of a domain of the outer membrane lipoprotein O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r2c

タイトル

Crystal structure of a domain of the outer membrane lipoprotein Omp28 from Porphyromonas gingivalis

要素

28 kDa outer membrane protein Omp28

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Lipoprotein / Omp28 / structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, R. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a domain of the outer membrane lipoprotein Omp28 from Porphyromonas gingivalis.
著者: Zhang, R. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r2c.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r2c.ent.gz	50 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r2c_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r2c_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	2r2c_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	2r2c_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6g40-3 6fqo-d 4hmr-d 3plf-2 6g3x-1 5an4-d 4erv-d 1lm3-d 3qwn-10 1vht-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90180.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 28 kDa outer membrane protein Omp28

B: 28 kDa outer membrane protein Omp28

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.831, 110.342, 90.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Authors state that this protein exists as dimer. The deposited Mol.A and Mol.B represent the dimer in the asymmetric unit

#1: タンパク質	28 kDa outer membrane protein Omp28 / Outer membrane lipoprotein Omp28 分子量: 20953.047 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain: Residues 108-290 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: omp28, PG_2173 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9S3Q1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→63.63 Å / Num. all: 34652 / Num. obs: 34354 / % possible obs: 99.14 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 37.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.848 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2670 / % possible all: 94.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→63.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.734 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20076	1801	5 %	RANDOM
R_work	0.17392	-	-	-
all	0.17527	34354	-	-
obs	0.17527	34354	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.042 Å	0.04 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→63.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1846	0	0	350	2196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.948	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.93	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.31	25.476	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.478	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.675	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.208	1.5	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.859	2	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.677	3	830
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.228	4.5	701

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	127	-
R_work	0.266	2395	-
obs	-	2522	94.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.208 Å / Origin y: 19.522 Å / Origin z: 35.044 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0084 Å²	-0.002 Å²	-0.0015 Å²	-	-0.0192 Å²	-0.0132 Å²	-	-	-0.0729 Å²
L	0.4295 °²	0.4078 °²	-0.3693 °²	-	0.9222 °²	-0.7738 °²	-	-	0.7512 °²
S	-0.0205 Å °	0.0398 Å °	0.0143 Å °	-0.0381 Å °	0.052 Å °	0.0251 Å °	0.0594 Å °	-0.0065 Å °	-0.0315 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	36 - 45	36 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	53 - 96	53 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	114 - 150	114 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	151 - 180	151 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	53 - 95	53 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	115 - 150	115 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	151 - 180	151 - 180

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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