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- PDB-2r0q: Crystal structure of a serine recombinase- DNA regulatory complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r0q
タイトルCrystal structure of a serine recombinase- DNA regulatory complex
要素
  • (31-MER) x 2
  • Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
キーワードRECOMBINATION/DNA / site-specific recombinase / resolvase / dna-binding protein / protein-dna complex / DNA integration / DNA invertase / DNA recombination / Plasmid / Transposable element / Transposition / RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily ...Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rice, P.A. / Mouw, K.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Architecture of a serine recombinase-DNA regulatory complex.
著者: Mouw, K.W. / Rowland, S.J. / Gajjar, M.M. / Boocock, M.R. / Stark, W.M. / Rice, P.A.
履歴
登録2007年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 31-MER
B: 31-MER
G: 31-MER
H: 31-MER
C: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
D: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
E: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
F: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,55310
ポリマ－135,3618
非ポリマー1922
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24050 Å2
ΔGint-182.7 kcal/mol
Surface area57560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.500, 132.500, 315.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 31-MER


分子量: 9619.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: site ii dna strand 1
#2: DNA鎖 31-MER


分子量: 9437.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: site ii dna strand 2
#3: タンパク質
Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3


分子量: 24312.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 9789 / 遺伝子: bin3 / プラスミド: pSA1122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P20384
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.898773 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.148209 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: drops containing 25 mM TRIS and 100 mM ammonium sulfate were mixed 1:1 with the sin-dna complex solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS11
2ammonium sulfate11
3H2O11
4TRIS12
5ammonium sulfate12
6H2O12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.91977, 0.91988
シンクロトロンAPS 19-ID21.77
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年2月8日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年2月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919771
20.919881
31.771
反射解像度: 3.21→50 Å / Num. all: 56885 / Num. obs: 55122 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 12.44
反射 シェル解像度: 3.21→3.34 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 5436 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2407 4.7 %random
Rwork0.267 ---
all-51441 --
obs-48157 93.6 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 80.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.197 Å2-11.547 Å20 Å2
2---13.705 Å20 Å2
3---26.902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 2530 10 0 8700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.353
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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