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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qz7 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a homologue of telluride resistance protein (TerD), SCO6318 from Streptomyces coelicolor A3(2) | ||||||
要素 | Uncharacterized protein SCO6318 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC7352 / homologue of telluride resistance protein (TerD) / SCO6318 / Streptomyces coelicolor A3(2) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | TerD domain / TerD domain / sav2460 like domains / Lipoxygenase-1 / Sandwich / Mainly Beta / TerD domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Xu, X. / Zheng, Z. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a homologue of telluride resistance protein (TerD), SCO6318 from Streptomyces coelicolor A3(2). 著者: Tan, K. / Xu, X. / Zheng, Z. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ... BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN, HOWEVER, FROM PACKING IT IS LIKELY A MONOMER. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qz7.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qz7.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qz7_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qz7_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qz7_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qz7_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/2qz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/2qz7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. From molecular packing, it is likely monomeric. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21438.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 生物種: Streptomyces coelicolor / 株: A3(2), M145 / 遺伝子: SCO6318, SCIF3.20c / プラスミド: p15Tv Lic / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93RS6 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.1M Hepes, 3.4M Na Formate, 40% Jeffamine M-600, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.18 Å / Num. all: 24107 / Num. obs: 24107 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 45.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1552 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.76 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.811 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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