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- PDB-2qx0: Crystal Structure of Yersinia pestis HPPK (Ternary Complex) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qx0
タイトルCrystal Structure of Yersinia pestis HPPK (Ternary Complex)
要素7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / 3-layered alpha-bata-alpha fold / homodimer / ternary complex / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Chem-PH2 / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Ji, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure and activity of Yersinia pestis 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase as a novel target for the development of antiplague therapeutics.
著者: Blaszczyk, J. / Li, Y. / Cherry, S. / Alexandratos, J. / Wu, Y. / Shaw, G. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase
B: 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,51410
ポリマ－36,0162
非ポリマー1,4988
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.40, 78.62, 52.60
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.72, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / 2-amino-4- hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridin e pyrophosphokinase


分子量: 18007.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: HAMAP PROTEOME / 遺伝子: folK / プラスミド: PKM1016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q7CKD7, UniProt: A0A5P8YCA3*PLUS, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-PH2 / 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE / 6-ヒドロキシメチル-7,8-ジヒドロプテリン


分子量: 195.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.18 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, 30% (W/V) PEG 4000 AND 20 MM IMIDAZOLE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 31566 / Num. obs: 30817 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2949 / % possible all: 89.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q0N

1q0n


解像度: 1.8→28.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 91134.281 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1525 4.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.232 31566 --
obs0.232 30817 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.851 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.48 Å20 Å21.35 Å2
2---2.55 Å20 Å2
3----3.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 94 465 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.12.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 134 4.6 %
Rwork0.312 2765 -
all-2899 -
obs--90.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION4apc.parapc.top
X-RAY DIFFRACTION5ph2.parph2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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