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万見
- PDB-3mmh: X-ray structure of free methionine-R-sulfoxide reductase from nei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmh
タイトルX-ray structure of free methionine-R-sulfoxide reductase from neisseria meningitidis in complex with its substrate
要素Methionine-R-sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性GAF domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / METHIONINE SULFOXIDE / :
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Gruez, A. / Libiad, M. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Free Methionine-R-sulfoxide Reductase from Neisseria meningitidis.
著者: Gruez, A. / Libiad, M. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G.
履歴
登録2010年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-R-sulfoxide reductase
B: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,50719
ポリマ－36,3672
非ポリマー1,14017
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.320, 39.480, 52.250
Angle α, β, γ (deg.)104.17, 105.16, 100.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細DIMER

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase / fRMsr


分子量: 18183.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: 8013 / 遺伝子: CAX50842, NMV_2074 / プラスミド: pSK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: C9X208, L-methionine (R)-S-oxide reductase

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非ポリマー , 5種, 323分子

#2: 化合物 ChemComp-SME / METHIONINE SULFOXIDE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 23% MPD, 120 mM Mg(CH3COO)2, 100 mM cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.886 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→25 Å / Num. obs: 75066 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.54 % / Biso Wilson estimate: 18.941 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.91
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.2-1.230.4183.18104246537.4
1.23-1.260.3753.510775307948.3
1.26-1.30.2754.713469384661.5
1.3-1.340.2355.317088495382.1
1.34-1.390.2136.320659548593.4
1.39-1.430.1688.120984532393.6
1.43-1.490.1319.920390517194.3
1.49-1.550.112.719669498694.4
1.55-1.620.07715.719004481995.1
1.62-1.70.06418.218086459695
1.7-1.790.10222.625538442695.4
1.79-1.90.0762724335415296
1.9-2.030.05632.122882391396.2
2.03-2.190.04237.721583370796.4
2.19-2.40.03740.719452336497.1
2.4-2.680.03342.817596306296.9
2.68-3.10.03245.115360271897.6
3.1-3.790.02945.312168231197.6
3.79-5.360.025417979174696.6
5.360.02437.9392194493.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å25.76 Å
Translation3.5 Å25.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.16 / WRfactor Rwork: 0.119 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.926 / SU B: 1.179 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.043 / SU Rfree: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 3545 5 %RANDOM
Rwork0.118 ---
obs0.12 70912 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.46 Å2 / Biso mean: 19.68 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.09 Å20.08 Å2
2---0.03 Å20.01 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.057 Å0.128 Å
Luzzati sigma a0.058 Å0.048 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 69 306 2939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2861.9714025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2434671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4065401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65923.923130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17615446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2850.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4881.51811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8651.5724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.51622933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.06531101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.84.51067
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.25834817
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 159 -
Rwork0.17 3026 -
all-3185 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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