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万見
- PDB-2qux: PP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qux
タイトルPP7 coat protein dimer in complex with RNA hairpin
要素
  • Coat protein
  • RNA (25-MER)
キーワードStructural PROTEIN/RNA / Bacteriophage coat protein / RNA-protein complex / Capsid protein / Structural PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage PP7, coat / Phage PP7 coat protein / MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Chao, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the coevolution of a viral RNA-protein complex.
著者: Chao, J.A. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Singer, R.H.
履歴
登録2007年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (25-MER)
F: RNA (25-MER)
I: RNA (25-MER)
L: RNA (25-MER)
O: RNA (25-MER)
R: RNA (25-MER)
A: Coat protein
B: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
P: Coat protein
Q: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,10233
ポリマ－211,72118
非ポリマー1,38115
水9,224512
1
C: RNA (25-MER)
A: Coat protein
B: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6557
ポリマ－35,2873
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
手法PISA
2
F: RNA (25-MER)
D: Coat protein
E: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5636
ポリマ－35,2873
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
手法PISA
3
I: RNA (25-MER)
G: Coat protein
H: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5636
ポリマ－35,2873
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
手法PISA
4
L: RNA (25-MER)
J: Coat protein
K: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6557
ポリマ－35,2873
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
手法PISA
5
O: RNA (25-MER)
M: Coat protein
N: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2873
ポリマ－35,2873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
手法PISA
6
R: RNA (25-MER)
P: Coat protein
Q: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3794
ポリマ－35,2873
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.970, 145.388, 109.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
RNA (25-MER)


分子量: 8053.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Coat protein


分子量: 13616.476 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage PP7 (ファージ) / 属: Levivirus / 遺伝子: PP7 coat protein / プラスミド: pET22HT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38062
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Na Citrate, 0.01M MES, 0.001M Cobaltous chloride hexahydrate, 0.18M Ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Na Citrate11
3MES11
4Cobaltous chloride hexahydrate11
5Ammonium sulfate11
6PEG 335012
7Na Citrate12
8MES12
9Cobaltous chloride hexahydrate12
10Ammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月19日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→33.8 Å / Num. all: 86879 / Num. obs: 85663 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.44→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7525 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2QUD

2qud


解像度: 2.44→33.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.45 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2545 -random
Rwork0.175 ---
all0.177 82206 --
obs0.177 82944 99.11 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11213 3198 90 512 15013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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