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- PDB-4x6u: Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T6 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x6u | ||||||
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Title | Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T6 | ||||||
![]() | Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / esterase | ||||||
Function / homology | ![]() triacylglycerol lipase / triglyceride lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanteev, M. / Dror, A. / Gihaz, S. / Fishman, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into methanol-stable variants of lipase T6 from Geobacillus stearothermophilus. Authors: Dror, A. / Kanteev, M. / Kagan, I. / Gihaz, S. / Shahar, A. / Fishman, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 96.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 70.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 425.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 427.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 43933.000 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 33-418 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Plasmid: pET9A / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M sodium citrate , 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 26, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.56 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 21199 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.005 / Net I/av σ(I): 19.651 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 153775 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.334 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.73 Å2 / Biso mean: 29.49 Å2 / Biso min: 15.12 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.201→24.989 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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