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Yorodumi- PDB-4x6u: Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T6 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x6u | ||||||
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Title | Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T6 | ||||||
Components | Lipase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / esterase | ||||||
Function / homology | triacylglycerol lipase / triglyceride lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / triacylglycerol lipase Function and homology information | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.201 Å | ||||||
Authors | Kanteev, M. / Dror, A. / Gihaz, S. / Fishman, A. | ||||||
Funding support | Israel, 1items
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Citation | Journal: Appl.Microbiol.Biotechnol. / Year: 2015 Title: Structural insights into methanol-stable variants of lipase T6 from Geobacillus stearothermophilus. Authors: Dror, A. / Kanteev, M. / Kagan, I. / Gihaz, S. / Shahar, A. / Fishman, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4x6u.cif.gz | 92.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4x6u.ent.gz | 71.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4x6u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 43933.000 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 33-418 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Plasmid: pET9A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q93A71, triacylglycerol lipase |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M sodium citrate , 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.56 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 26, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.56 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 21199 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.005 / Net I/av σ(I): 19.651 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 153775 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.201→24.989 Å / FOM work R set: 0.8496 / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.334 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.73 Å2 / Biso mean: 29.49 Å2 / Biso min: 15.12 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.201→24.989 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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