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- PDB-2qtj: Solution structure of human dimeric immunoglobulin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qtj
タイトルSolution structure of human dimeric immunoglobulin A
要素
  • Ig alpha-1 chain C region
  • Kappa light chain IgA1
キーワードIMMUNE SYSTEM / X-ray and neutron solution scattering / immunology / antibody / immunoglobulin A1 / Chromophore / Glycoprotein / Immunoglobulin C region / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma ...secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Uncharacterized protein DKFZp686J11235
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱
データ登録者Bonner, A. / Furtado, P.B. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Implications of the near-planar solution structure of human myeloma dimeric IgA1 for mucosal immunity and IgA nephropathy
著者: Bonner, A. / Furtado, P.B. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
履歴
登録2007年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Kappa light chain IgA1
M: Kappa light chain IgA1
A: Ig alpha-1 chain C region
B: Ig alpha-1 chain C region
N: Kappa light chain IgA1
O: Kappa light chain IgA1
C: Ig alpha-1 chain C region
D: Ig alpha-1 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,1418
ポリマ－297,1418
非ポリマー00
水00
1
L: Kappa light chain IgA1
M: Kappa light chain IgA1
A: Ig alpha-1 chain C region
B: Ig alpha-1 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,5704
ポリマ－148,5704
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Kappa light chain IgA1
O: Kappa light chain IgA1
C: Ig alpha-1 chain C region
D: Ig alpha-1 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,5704
ポリマ－148,5704
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数10
詳細Two light chains (L and M or N and O) bind to two heavy chains (A and B or C and D) within each IgA monomer. Two IgA monomers then form the dimeric IgA molecule.

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要素

#1: 抗体
Kappa light chain IgA1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23216.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Dimeric IgA1 was purified by thiophilic and jacalin affinity chromatography.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Ig alpha-1 chain C region / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 51068.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Kappa light chain dimeric IgA1 was isolated from myeloma serum.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01876, UniProt: Q6MZW0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

検出器日付: 2001年7月1日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Soln scatter

Buffer name: 140 MM NACL 12.5 MM NAHPO4 0.5 MM EDTA 0.02% NA AZIDE / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Protein length: 1 / Sample pH: 7.5 / Source class: Y / 温度: 288 K

タイプIDConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMax mean cross sectional radii gyration (nm)Max mean cross sectional radii gyration esd (nm)Mean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesSource beamlineSource type
x-ray10.58-1.16MULTICCDFRELON CCD CAMERA1.430.078.650.273.940.1810IDO2ESRF GRENOBLE
neutron20.83-1.16COLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR7.60.051LOQISIS RUTHERFORD-APPLETON LAB

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
COLETTE(ISIS)データスケーリング
SCTPL7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 0 0 2756
Soln scatter modelNum. of conformers submitted: 10 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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