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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2qs8
タイトル
Crystal structure of a Xaa-Pro dipeptidase with bound methionine in the active site
要素
Xaa-Pro Dipeptidase
キーワード
HYDROLASE / Amidohydrolase / Dipeptidase / TIM barrel / Protein Structure Initiative / PSI-2 / 9355e / NYSGXRC / Structural Genomics / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF ... SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT GENBANK WITH ACCESSION CODE GI:88795397.
モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 44488 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.4
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELXD
位相決定
SHARP
位相決定
ARP/wARP
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→45.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 54537.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: RESIDUES LISTED AS MISSING IN REMARK 465 ARE DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY. RESIDUES WITH MISSING ATOMS LISTED IN REMARK 470 ARE DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY FOR SIDE CHAINS AND MODELED AS ALANINES.