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- PDB-5ikl: Crystal structure of P. aeruginosa geranyl-CoA carboxylase (GCC),... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikl
タイトルCrystal structure of P. aeruginosa geranyl-CoA carboxylase (GCC), beta subunit
要素Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
キーワードLIGASE / Carboxylase / organic acid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


geranoyl-CoA carboxylase activity / terpene catabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain MCCB/AccD1-like / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, C.S. / Jurado, A.R. / Tong, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK067238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008281 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008798 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and substrate selectivity of the 750-kDa alpha6beta6 holoenzyme of geranyl-CoA carboxylase
著者: Jurado, A.R. / Huang, C.S. / Zhang, X. / Zhou, Z.H. / Tong, L.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
D: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
F: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7893
ポリマ－171,7893
非ポリマー00
水43224
1
B: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
D: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
F: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit

B: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
D: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit
F: Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,5796
ポリマ－343,5796
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area38410 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area100860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.722, 105.722, 550.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Geranyl-CoA carboxylase, beta-subunit


分子量: 57263.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: atuC, PA2888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZV9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), 60% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 71918 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.035 / Net I/av σ(I): 15.707 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 322453
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.494.50.43270291.04399.4
2.49-2.594.60.36271271.04399.8
2.59-2.74.60.28571421.02999.9
2.7-2.854.60.21371491.01100
2.85-3.024.60.16271820.96299.9
3.02-3.264.60.11371980.97599.8
3.26-3.584.60.08672300.97899.5
3.58-4.14.40.07272191.01698.5
4.1-5.174.20.06771881.13196.6
5.17-504.20.0574541.18193.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.195 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.963 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 3660 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.2184 68848 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.29 Å2 / Biso mean: 65.984 Å2 / Biso min: 30.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20.91 Å2-0 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3----5.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11122 0 0 24 11146
Biso mean---57.8 -
残基数----1486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.97715300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83325350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98151470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45123.907471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.321151874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9381585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8326.3725928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8316.3725927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0599.5347382
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 255 -
Rwork0.281 4938 -
all-5193 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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