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- PDB-2qr1: Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qr1
タイトルCrystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase in complex with ADP
要素
  • Protein C1556.08c
  • SNF1-like protein kinase ssp2
  • SPCC1919.03c protein
キーワードTRANSFERASE / AMPK / ADP / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / CBS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of flocculation / positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine metabolism / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body ...positive regulation of flocculation / positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine metabolism / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body / SREBP signaling pathway / CAMKK-AMPK signaling cascade / nucleotide-activated protein kinase complex / protein kinase regulator activity / protein kinase activator activity / AMP binding / negative regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of TORC1 signaling / ADP binding / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #290 / Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / Kinase associated domain 1, KA1 / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase ...N-terminal domain of TfIIb - #290 / Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / Kinase associated domain 1, KA1 / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / CBS-domain / CBS-domain / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA-Binding Protein / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / N-terminal domain of TfIIb / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Single Sheet / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / SNF1-like protein kinase ssp2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jin, X. / Townley, R. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural Insight into AMPK Regulation: ADP Comes into Play.
著者: Jin, X. / Townley, R. / Shapiro, L.
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SNF1-like protein kinase ssp2
B: SPCC1919.03c protein
G: Protein C1556.08c
C: SNF1-like protein kinase ssp2
D: SPCC1919.03c protein
E: Protein C1556.08c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,11810
ポリマ－128,4106
非ポリマー1,7094
水1,42379
1
A: SNF1-like protein kinase ssp2
B: SPCC1919.03c protein
G: Protein C1556.08c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0595
ポリマ－64,2053
非ポリマー8542
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
手法PISA
2
C: SNF1-like protein kinase ssp2
D: SPCC1919.03c protein
E: Protein C1556.08c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0595
ポリマ－64,2053
非ポリマー8542
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9870 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.293, 78.087, 108.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31A
41C
12B
22D
32B
42D
13G
23E

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSSERSERAA451 - 54312 - 104
211LYSLYSILEILECD451 - 54112 - 102
321LYSLYSALAALAAA557 - 576118 - 137
421LYSLYSALAALACD557 - 576118 - 137
112GLNGLNALAALABB207 - 2466 - 45
212GLNGLNALAALADE207 - 2466 - 45
322ASPASPASPASPBB250 - 29749 - 96
422ASPASPASPASPDE250 - 29749 - 96
113METMETTYRTYRGC2 - 3152 - 315
213ASPASPTYRTYREF3 - 3153 - 315

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological unit is a heterotrimer (There are two such trimers: A+B+G and C+D+E in the asymmetric unit), and the dimer of these heterotrimers is also physiologically relevant.

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要素

#1: タンパク質 SNF1-like protein kinase ssp2


分子量: 15903.413 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues:440-576 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: ssp2 / プラスミド: PSMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O74536, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 SPCC1919.03c protein


分子量: 10865.345 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues:203-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: PET-DUET-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78789
#3: タンパク質 Protein C1556.08c


分子量: 37436.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: PET-DUET-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10343
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 6-10% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, 5mM ADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 32417 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2ooy

2ooy


解像度: 2.7→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 33.343 / SU ML: 0.335 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28945 1558 5 %RANDOM
Rwork0.20641 ---
obs0.2106 28869 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å2-1.58 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8349 0 108 79 8536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.98811732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03951050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55223.867362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.538151504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1711551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.23978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.25939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5261.55403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92828579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32233639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1394.53152
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A848medium positional0.510.5
2B681medium positional0.590.5
3G2450medium positional0.390.5
1A848medium thermal0.532
2B681medium thermal0.462
3G2450medium thermal0.52
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 83 -
Rwork0.396 1637 -
obs--73.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.03150.44661.75133.75350.19225.5771-0.1050.43030.4661-0.09120.08860.0475-0.3192-0.00040.0164-0.2081-0.0115-0.0686-0.06030.1242-0.1954-11.54522.4329.422
26.07851.16010.77036.5177-1.65556.92950.0499-0.17341.28850.199-0.14380.8139-0.79870.59610.0939-0.14220.1931-0.0666-0.0017-0.07950.1426-12.82429.79315.661
35.91631.07670.69388.0127-0.28972.09510.1454-0.12710.02750.5377-0.03030.1432-0.2999-0.3401-0.1152-0.19540.0022-0.0202-0.08470.0092-0.3593-11.9378.83222.04
44.74150.3066-0.32636.34291.06724.0433-0.08530.5622-0.372-0.59630.3838-0.32370.24060.5711-0.2985-0.19920.04960.01770.1337-0.1557-0.204637.419-5.81212.422
52.5301-0.54970.82748.86013.671310.87380.19530.3652-0.50950.77970.05680.18741.49220.1874-0.2521-0.26910.0991-0.02940.1302-0.10780.197138.411-11.71118.981
610.10712.66821.08019.19260.59681.87170.14950.2876-0.43580.29520.0834-0.28850.2570.5142-0.2329-0.1855-0.04580.0179-0.0628-0.0131-0.37837.0318.11223.9
73.69650.35370.26351.7789-0.55640.6161-0.04670.3378-0.3993-0.1905-0.0064-0.0470.266-0.05930.0531-0.16-0.0468-0.0132-0.0688-0.0436-0.1705-5.068-8.7219.203
85.77051.35340.87310.97650.22043.01250.1455-0.04410.04140.1663-0.05610.06710.1168-0.3333-0.0894-0.0868-0.0078-0.0159-0.2012-0.003-0.114-0.695-19.25335.44
93.4368-0.21560.97931.57420.60390.6279-0.06430.41880.2833-0.26610.05480.0607-0.3380.27770.0095-0.0376-0.1259-0.0444-0.01930.062-0.155530.6125.94320.952
105.09480.7933-0.34191.1856-0.1562.3184-0.13630.05270.12610.01850.1385-0.1261-0.21020.2366-0.00220.0185-0.0455-0.1313-0.18930.0031-0.09262536.73136.745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA451 - 57612 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2BB207 - 2476 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3BB248 - 29747 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4CD450 - 57611 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5DE207 - 2476 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6DE248 - 29747 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7GC2 - 1722 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8GC173 - 317173 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9EF3 - 1723 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10EF173 - 317173 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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